错误：在 R 中使用 goProfiles 包时，无法将类型“环境”强制转换为“字符”类型的向量答案

【问题标题】：Error: cannot coerce type 'environment' to vector of type 'character' while using goProfiles package in R错误：在 R 中使用 goProfiles 包时，无法将类型“环境”强制转换为“字符”类型的向量
【发布时间】：2021-07-08 16:33:48
【问题描述】：

我正在尝试对 Entrez 基因列表完成基因本体 (GO) 分析。我已经安装了 goProfiles 包以及 orgPackage org.Hs.eg.db。

我尝试使用以下代码为我的 Entrez 基因列表构建基本功能配置文件：

library(goProfiles)
library(org.Hs.eg.db)

entrez <- c(567, 6280, 1915, 3106, 60, 4512, 3043, 3107, 2495, 3133)
    
GO <- basicProfile(entrez, idType = "Entrez", onto = "BP", level = 2, 
orgPackage = org.Hs.eg.db, na.rm = T)

但我收到以下错误消息：

as.vector(x, "character") 中的错误：无法强制类型 '环境'到'字符'类型的向量

为什么我会遇到这个问题？ entrez 未定义为“字符”，而是定义为“数字”。

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

goProfiles::basicProfile 的文档说明了它的 orgProfile 参数：

Bioconductor 的有机体注释包的名称（'org.Xx-eg-db'）。如果基因列表通过，则必须提供此字段该函数是“Entrez”（NCBI）的字符向量标识符或探针名称的字符向量。

请注意，它在引号中显示“org.Xx-eg-db”。因此，请尝试引用您的 orgPackage 输入，如下所示。

library(goProfiles)
library(org.Hs.eg.db)

entrez <- c(567, 6280, 1915, 3106, 60, 4512, 3043, 3107, 2495, 3133)

GO <- basicProfile(entrez, idType = "Entrez", 
                   onto = "BP", level = 2, 
                   orgPackage = "org.Hs.eg.db", na.rm = T)

> basicProfile(entrez, idType = "Entrez", 
               +                    onto = "BP", level = 2, 
               +                    orgPackage = "org.Hs.eg.db", na.rm = T)

$BP
Description       GOID Frequency
5                                    behavior GO:0007610         1
12                        biological adhesion GO:0022610         4
20                           biological phase GO:0044848         0
29                      biological regulation GO:0065007         9
31                          biomineralization GO:0110148         0
7                    carbohydrate utilization GO:0009758         0
9                          carbon utilization GO:0015976         0
8                            cellular process GO:0009987        10
30                             detoxification GO:0098754         2
15                      developmental process GO:0032502         6
16                                     growth GO:0040007         1
2                       immune system process GO:0002376         8
19 interspecies interaction between organisms GO:0044419         5
27 intraspecies interaction between organisms GO:0051703         0
26                               localization GO:0051179        10
17                                 locomotion GO:0040011         2
6                           metabolic process GO:0008152         9
28                     multi-organism process GO:0051704         0
14           multicellular organismal process GO:0032501         7
23  negative regulation of biological process GO:0048519         4
10                       nitrogen utilization GO:0019740         0
4                      phosphorus utilization GO:0006794         0
18                               pigmentation GO:0043473         0
22  positive regulation of biological process GO:0048518         6
24           regulation of biological process GO:0050789         9
1                                reproduction GO:0000003         0
11                       reproductive process GO:0022414         0
25                       response to stimulus GO:0050896        10
21                           rhythmic process GO:0048511         0
13                                  signaling GO:0023052         6
3                          sulfur utilization GO:0006791         0

【讨论】：