使用 Python 导入 R 脚本的输出

Question

我在这个 stackoverflow 中的第一篇文章！ :)

我正在尝试使用 Python 导入表（R 脚本的输出）。 这对于避免翻译在 R 中设计复杂 data.table 的巨大脚本非常有帮助。

现在我知道如何使用以下代码使用 Python 调用 R 脚本：

import os 
import subprocess
 
#Launch selected script
command = 'C:/Program Files/R/R-3.4.0/bin/x64/Rscript.exe'
path2script = 'C:/mypath/myscript.R'
cmd = [command, path2script]
a = subprocess.call(cmd)

但是我不知道如何使用表格，R 代码的输出，使用我的 Python 脚本。你有什么想法吗？

非常感谢

编辑：

我尝试了下面@punter 的解决方案

import subprocess

with subprocess.Popen(['/command/to/run', '/other/parameters'], stdout=subprocess.PIPE) as proc:
    table = proc.stdout.read()

然后表格作为一个奇怪的格式是这样的：（它是一个子集）

A\r\n COL1 COL2 COL3\r\n 1: 2015-06-17 05:19 NA <NA>\r\n 2: 2015-06-17 05:19 NA <NA>\r\n 3: 2015-06-17 05:19 NA <NA>\r\n 4: 2015-06-17 05:19 NA <NA>\r\n 5: 2015-06-17 05:19:29 NA <NA>\r\n 

当我尝试下面的代码时，我得到了列名中的所有内容

s=str(table) 
data = StringIO(s) 
df=pd.read_csv(data)

[0 行 x 111 列]

编辑 2 号

在 str(table, "ISO-8859-1") 之类的 str 中尝试使用这个“ISO-8859-1”似乎可以正常工作，我注意到我的脚本中有多个表。 我正在以一种干净的方式重新运行所有内容，我希望它会起作用！ :)

Answer 1

一般来说，对于任何进程，stdout 都可以如下捕获：

import subprocess

with subprocess.Popen(['/command/to/run', '/other/parameters'], stdout=subprocess.PIPE) as proc:
    table = proc.stdout.read()

这是一个阻塞调用，这意味着执行将在 table = proc.stdout.read() 处停止。

注意 上面的代码对于大表可能无法正常工作，因为进程会在上面显示的行阻塞很长时间。

Answer 2

我会看看 r2py 接口。这允许您从 R 转换为 pandas 对象：https://pandas.pydata.org/pandas-docs/version/0.22.0/r_interface.html。

您可以将表存储在 RData 文件中，然后将其加载到 python 中。

Answer 3

考虑调整 R 脚本以使用 write.csv() 作为最后一行没有文件名以将数据转储到控制台。这将允许引用字符串值。然后在 Python 中，使用subprocess.Popen 接收带有字节处理的输出，以便迁移到 Pandas 数据帧中。

R

...

write.csv(my_r_df, file="", row.names=FALSE)

Python

import subprocess
from io import StringIO
import pandas as pd
 
# RUN R SCRIPT
command = r'C:\Path\To\Rscript.exe'
path2script = r'C:\Path\To\R\Code.R'

a = subprocess.Popen([command, path2script], 
                      stdin=subprocess.PIPE, 
                      stdout=subprocess.PIPE, 
                      stderr=subprocess.PIPE)
                      
output, error = a.communicate()

# IMPORT PANDAS DATA FRAME
my_pandas_df = pd.read_csv(StringIO(output.decode('utf-8')))

my_pandas_df

当然，您也可以让 R 简单地将数据写入 .csv，然后导入 Pandas。

Answer 4

您可以将 R 数据框复制到剪贴板，然后使用从剪贴板读取将其加载到 Pandas。这是它的工作原理。

使用此代码将 R 数据帧复制到剪贴板，然后转到 Jupyter 并使用 pd.read_clipboard()。

# If you are on Windows, use:
# R-Studio
write.table(df, "clipboard", sep="\t", col.names=TRUE)

# Jupyter
df = pd.read_clipboard(sep="\t")

---

# On Mac, use:
# R-Studio
clip <- pipe("pbcopy", "w")                       
write.table(df, file=clip)                               
close(clip)

# Jupyter Notebook
df = pd.read_clipboard()