SBML 字形/图形/布局答案

【问题标题】：SBML glyph/graph/layoutSBML 字形/图形/布局
【发布时间】：2022-01-11 18:39:18
【问题描述】：

您知道如何生成我可以从我的 SBML 模型转换或导出为 SVG 的绘图或图形吗？或者直接从用 XML 编写的 SBML 模型生成 SVG？

我阅读了文档但它对这个项目没有帮助。

【问题讨论】：

【解决方案1】：

有很多方法可以实现这一点，但这些图表的实用性取决于 SBML 文件的内容。假设 SBML 文件包含 SBML 布局包中的布局信息。在这种情况下，可以使用以下工具将其转换为这样的图像：

如果 SBML 文件不包含布局信息，自动布局工具可以生成此类图形，例如，

请注意：

系统生物学格式转换器 (SBFC) 创建 GraphViz 文件以供进一步处理。您可以使用 GraphViz 编译它们并根据自动布局获取 SVG。
CellDesigner 直接支持导出 SVG。从File > Export Image… > 选择SVG files，然后选择Save。目前，CellDesigner 仅支持 SBML 至 Level 2 Version 4。它的 Layouts 通常很方便，可以很容易地手动调整。但是，可能需要先使用 SBFC 对模型进行下转换。如果需要，还有一些 CellDesigner 的导入器和转换器可以处理 SBML Layout 包，例如CellDesigner Parser。

【讨论】：

感谢您提供这个非常有用的答案。实际上，我必须为学校项目创建自己的 sbml（模型和表示）生成器，所以我必须了解他们是如何实现这一结果的。我认为 EscherConverter 就是一个很好的例子。

【解决方案2】：

我会联系 Sauro 实验室，他们有许多正在开发中的工具应该能够做到这一点（包括 PDF）。它们还支持 SBML 布局/渲染扩展。他们还在开发 pydot 到 SBML 的转换器。

【讨论】：