在凝聚聚类中指定最大距离（scikit learn）答案

【问题标题】：Specify max distance in agglomerative clustering (scikit learn)在凝聚聚类中指定最大距离（scikit learn）
【发布时间】：2017-06-09 01:29:05
【问题描述】：

使用聚类算法时，您始终必须指定关闭参数。

我目前正在使用 scikit learn 的凝聚聚类，我能看到的唯一关闭参数是聚类的数量。

agg_clust = AgglomerativeClustering(n_clusters=N)
y_pred = agg_clust.fit_predict(matrix)

但我想找到一种算法，您可以在其中指定集群元素内的最大距离，而不是集群的数量。因此，该算法将简单地聚集集群，直到达到最大距离。

有什么建议吗？

【问题讨论】：

标签： python algorithm scikit-learn hierarchical-clustering

【解决方案1】：

您要查找的内容在 scipy.cluster.hierarchy 中实现，请参阅here。

所以你可以这样做：

from scipy.cluster.hierarchy import linkage, fcluster
y_pred = fcluster(linkage(matrix), t, criterion='distance')  

# or more direct way
from scipy.cluster.hierarchy import fclusterdata
y_pred = fclusterdata(matrix, t, criterion='distance')

【讨论】：

变量t是什么？
t 在此示例中，是一个标量，用于指定同一簇的两个元素之间允许的最大距离。更多信息here.