如何确定 [R] 中的命名空间导入顺序

Question

我需要清理一个 R 实例以使其恢复到启动时的原始状态。到目前为止，我正在做的是：

在启动时，记录加载的包和命名空间

original_packages <- grep('^package:', search(), value = TRUE)
original_namespaces <- loadedNamespaces()

当我需要刷新实例时，分离每个在启动时不存在的加载包：

for (pkg in grep('^package:', search(), value = TRUE)) {
    if (! pkg %in% original_packages){
        detach(pkg, unload=TRUE, force=TRUE, character.only=TRUE)
    }
}

问题是，如果我加载了一个包含一堆导入命名空间的包，例如 ggplot2，这些命名空间会保持加载状态，我必须按照导入的顺序从高层向下卸载它们。只是盲目地卸载它们是行不通的，因为我得到“命名空间‘x’是由‘y’导入的，‘z’所以不能卸载”错误。

这是可重现的示例：

original_packages <- grep('^package:', search(), value = TRUE)
original_namespaces <- loadedNamespaces()

library(ggplot2)
library(plyr)

loadedNamespaces()

for (pkg in grep('^package:', search(), value = TRUE)) {
    if (! pkg %in% original_packages){
        detach(pkg, unload=TRUE, force=TRUE, character.only=TRUE)
    }
}

for (ns in loadedNamespaces()) {
    if (! ns %in% original_namespaces){
        unloadNamespace(ns)
    }
}

有没有办法找出命名空间导入层次结构？如果是这样，那么我应该能够正确地订购最后一个循环......

Answer 1

正如@Josh O'Brien 所说，通过分离或卸载命名空间是不可能获得干净的环境的。

但在这里回答您的问题是一种简单的方法，可以使用 tools:::dependsOnPkgs 以正确的顺序卸载所有命名空间：

## params: originalNamespaces is a list of namespaces you want to keep
cleanNamespaces <- function(originalNamespaces) {

    ## which namespaces should be removed?
    ns <- setdiff(loadedNamespaces(), originalNamespaces)

    ## get dependency list
    dep <- unlist(lapply(ns, tools:::dependsOnPkgs))

    ## append namespaces to guarantee to fetch namespaces with 
    ## no reverse dependencies
    ns <- c(dep, ns)

    ## get namespace names in correct order to unload without errors
    ns <- names(sort(table(ns), decreasing=TRUE))

    ## only unload namespaces which are attached
    ns <- ns[ns %in% loadedNamespaces()]

    ## unload namespaces
    invisible(sapply(ns, unloadNamespace))
}

Answer 2

好的，我已经为一个公认的 hacky 需求拼凑了一个 hacky 解决方案。任何有关如何更好地做到这一点的建议将不胜感激。特别是，我对全局 namespace_depths 对象的 <<- 分配不太满意。

original_packages <- grep('^package:', search(), value = TRUE)
original_namespaces <- loadedNamespaces()

library(ggplot2)
library(plyr)

loadedNamespaces()

new_packages <- Filter(function(pkg) { ! pkg %in% original_packages }, grep('^package:', search(), value = TRUE))

new_namespaces <- Filter(function(ns) { ! ns %in% original_namespaces }, loadedNamespaces())

get_imports <- function(ns, depth) {

    imports <- Filter(function(ns) { ! ns %in% original_namespaces }, names(getNamespaceInfo(ns, 'imports')))
    if (length(imports) == 0 ) {
        if ( is.null(namespace_depths[[ns]]) || namespace_depths[[ns]] < depth){
            namespace_depths[[ns]] <<- depth
        }
        return()
    }
    for (imported_ns in imports){
        get_imports(imported_ns, depth + 1)
    }
    if ( is.null(namespace_depths[[ns]]) || namespace_depths[[ns]] < depth){
        namespace_depths[[ns]] <<- depth
    }
}

namespace_depths <- list()
sapply(new_namespaces, get_imports, 0)

for (ns in names(namespace_depths)[order(unlist(namespace_depths))]) {
    if (! ns %in% original_namespaces){
        unloadNamespace(ns)
    }
}

for (pkg in new_packages){
    detach(pkg, unload=TRUE, force=TRUE, character.only=TRUE)
}