遍历 bash 命令

Question

我需要使用 linux bash 命令处理我的数据（大约 400 多个文件）。我正在尝试找到一种方法来对我的所有文件迭代相同的命令。

这是我的 bash 命令

cat file1.vcf | java -jar ~/snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ filter " ( QUAL >= 30 )" > file1_filtered.vcf

我尝试这样做但没有成功

for f in *.vcf; do echo cat *.vcf | java -jar snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ filter " ( QUAL >= 30 )" > filtered.vcf; done

这是我遇到的错误

Error: Unable to access jarfile snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/
Error: Unable to access jarfile snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/
Error: Unable to access jarfile snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/

Answer 1

根据你的问题，我会假设你的这个命令有效：

cat file1.vcf | java -jar ~/snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ filter " ( QUAL >= 30 )" > file1_filtered.vcf

如果是这样，那我们可以用第二条命令来分析区别：

for f in *.vcf; do echo cat *.vcf | java -jar snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ filter " ( QUAL >= 30 )" > filtered.vcf; done

1. 第一个命令提供文件内容作为 java 脚本的输入。第二个命令提供字符串cat，后跟.vcf 文件的名称作为java 脚本的输入。

2. java 脚本位于不同的位置。

要纠正这两个问题，请尝试：

for f in *.vcf
do
    java -jar ~/snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ filter " ( QUAL >= 30 )" <"$f" > filtered.vcf
done

我还删除了 cat 的无用用法。

最后，每次处理文件时，上述内容都会覆盖filtered.vcf。如果您希望一个文件包含所有结果，请尝试：

for f in *.vcf
do
    java -jar ~/snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ filter " ( QUAL >= 30 )" <"$f"
done > filtered.vcf

Answer 2

您的 Java 程序似乎逐行读取输入。因此，如果您不想将输出放在每个输入文件的一个文件中，则可以完全跳过 for 循环：

cat *.vcf | java -jar ~/snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ filter " ( QUAL >= 30 )" > files_filtered.vcf

这具有 cat 实际连接文件的额外好处。