Bash 脚本使用“读取时”从文件中调用两个不同的变量

Question

感谢您的帮助。我相信我需要使用“阅读时”来实现我希望在这里实现的目标。我在论坛中查找了类似的问题，但找不到从另一个文件调用多个变量的示例。

我有 file.txt，它有两列，大约 1000 行长，看起来像这样：

1 rs3131962
3 rs12562034
2 rs4040617
8 rs79373928
2 rs11240779

我想编写一个脚本，对于 file.txt 的每一行，它将从第 1 列和第 2 列中获取变量并将它们放在我命令的不同部分。现在，我知道这种语法是完全错误的，但为了便于说明，我希望它看起来像：

#!/bin/bash
filename='file.txt'
while read file.txt;
do 
./qctool -g chr"$1"_v3.bgen  -os chr"$1"_"$2".bgen -condition-on "$2"
done

..其中 $1 和 $2 表示 file.txt 中每一行的第一列和第二列中的变量。

本质上，我希望它读取 file.txt 的第 1 行并执行：

./qctool -g chr1_v3.bgen  -os chr1_rs3131962.bgen -condition-on rs3131962

完成后，进入第 2 行并执行：

./qctool -g chr3_v3.bgen  -os chr3_rs12562034.bgen -condition-on rs12562034

等等，对于 file.txt 中的所有 ~1000 行

有人可以帮助我获得正确的语法，以便将第 1 列和第 2 列中的变量分别放入我的脚本中吗？

对我的尝试的贫穷表示歉意 - 任何帮助都热烈感谢。

Answer 1

您只需在read 命令中命名变量：

#!/bin/bash
filename='file.txt'
while read -r first second
do 
./qctool -g chr"$first"_v3.bgen  -os chr"$first"_"$second".bgen -condition-on "$second"
done < "$filename"

另外，read 从标准输入读取，因此在done 之后使用< "$filename" 将文件的内容传递到标准输入。

顺便说一句，我将-r 开关添加到read，因为它不会造成任何伤害，并阻止shell 尝试在它读取的输入中使用\s 做“聪明”的事情。