使用 for 循环向表中添加新行：python

Question

在通过 DNA 序列搜索两个正则表达式后，我正在尝试创建一个 .bed 文件。理想情况下，我想生成一个制表符分隔的文件，其中包含序列描述、第一个正则表达式的开始位置和第二个正则表达式的结束位置。我知道正则表达式部分有效，它只是创建了我正在努力解决的 \t 分隔文件。

我希望我可以打开/创建一个文件，并为包含此信息的 for loop 的每次迭代打印一个新行，如下所示：

with open("Mimp_hits.bed", "a+") as file_object:
    for line in file_object:
        print(f'{sequence.description}\t{h.start()}\t{h_rc.end()}')
file_object.close()

但这似乎不起作用（创建空文件）。我也尝试过使用file_object.write，但这同样会创建一个空文件。

这是我拥有的所有代码，包括搜索正则表达式：

import re, sys

from Bio import SeqIO
from Bio.SeqRecord import SeqRecord

infile = sys.argv[1]

for sequence in SeqIO.parse(infile, "fasta"):
    hit = re.finditer(r"CAGTGGG..GCAA[TA]AA", str(sequence.seq))
    mimp_length = 400
    for h in hit:
        h_start = h.start()
        hit_rc = re.finditer(r"TT[TA]TTGC..CCCACTG", str(sequence.seq))
        for h_rc in hit_rc:
            h_rc_end = h_rc.end()
            length = h_rc_end - h_start
            if length > 0:
                if length < mimp_length:
                    with open("Mimp_hits.bed", "a+") as file_object:
                        for line in file_object:
                            print(sequence.description, h.start(), h_rc.end())
                    file_object.close()

这是所需的输出：

Focub_II5_mimp_1__contig_1.16(656599:656809)    2   208
Focub_II5_mimp_2__contig_1.47(41315:41540)  2   223
Focub_II5_mimp_3__contig_1.65(13656:13882)  2   224
Focub_II5_mimp_4__contig_1.70(61591:61809)  2   216

这是示例输入：

>Focub_II5_mimp_1__contig_1.16(656599:656809)
TACAGTGGGATGCAAAAAGTATTCGCAGGTGTGTAGAGAGATTTGTTGCTCGGAAGCTAGTTAGGTGTAGCTTGTCAGGTTCTCAGTACCCTATATTACACCGAGATCAGCGGGATAATCTAGTCTCGAGTACATAAGCTAAGTTAAGCTACTAACTAGCGCAGCTGACACAACTTACACACCTGCAAATACTTTTTGCATCCCACTGTA
>Focub_II5_mimp_2__contig_1.47(41315:41540)
TACAGTGGGAGGCAATAAGTATGAATACCGGGCGTGTATTGTTTTCTGCCGCTAGCCCATTTTAACAGCTAGAGTGTGTATATTAACCTCACACATAGCTATCTCTTATACTAATTGGTTAGGGAAAACCTCTAACCAGGATTAGGAGTCAACATAGCTTGTTTTAGGCTAAGAGGTGTGTGTCAGTACACCAAAGGGTATTCATACTTATTGCCCCCCACTGTA
>Focub_II5_mimp_3__contig_1.65(13656:13882)
TACAGTGGGAGGCAATAAGTATGAATACCGGGCGTGTATTGTTTTTCTGCCGCTAGCCTATTTTAATAGTTAGAGTGTGCATATTAACCTCACACATAGCTATCTTATATACTAATCGGTTAGGGAAAACCTCTAACCAGGATTAGGAGTCAACATAGCTTCTTTTAGGCTAAGAGGTGTGTGTCAGTACACCAAAGGGTATTCATACTTATTGCCCCCCACTGTA
>Focub_II5_mimp_4__contig_1.70(61591:61809)
TACAGTGGGATGCAATAAGTTTGAATGCAGGCTGAAGTACCAGCTGTTGTAATCTAGCTCCTGTATACAACGCTTTAGCTTGATAAAGTAAGCGCTAAGCTGTATCAGGCAAAAGGCTATCCCGATTGGGGTATTGCTACGTAGGGAACTGGTCTTACCTTGGTTAGTCAGTGAATGTGTACTTGAGTTTGGATTCAAACTTATTGCATCCCACTGTA

有人可以帮忙吗？

谢谢你:)

Answer 1

要向文件中写入一行，您可以执行以下操作：

with open("file.txt", "a") as f:
    print("new line", file=f)

如果你想要标签分隔，你也可以添加sep="\t"，这就是为什么python 3制作print a function所以你可以使用sep、end、file和flush关键字参数。 :)

打开文件进行追加意味着文件指针从文件末尾开始，这意味着写入文件不会覆盖任何数据（附加到文件末尾）并迭代它（或以其他方式从文件中读取）它）不会像你已经到达文件末尾那样给出任何东西。

因此，您只需将单行写入文件，而不是遍历文件的行：

                with open("Mimp_hits.bed", "a") as file_object:
                    print(sequence.description, h.start(), h_rc.end(), file=file_object)

您也可以考虑只在循环开始附近打开文件，因为打开一次并多次写入比多次打开更有效，而且 with 块会自动关闭文件，因此无需显式执行此操作。

Answer 2

您正试图以“a+”模式打开文件，并循环其中的行（这将找不到任何内容，因为当您这样做时文件位于末尾）。在任何情况下，如果这只是一个输出文件，那么您可以在“a”模式下打开它以附加到它。

可能您只想打开文件一次以进行追加，然后在 with 语句中执行主循环，当您想要将字符串实际追加到文件时使用 file_object.write(...)。请注意，使用此 with 构造时不需要 file_object.close()。

with open("Mimp_hits.bed", "a") as file_object:
    for sequence in SeqIO.parse(infile, "fasta"):
        # ... etc per original code ...
                    if length < mimp_length:
                        file_object.write("{}\t{}\t{}\n".format(
                                sequence.description, h.start(), h_rc.end()))