从 R 中的文本文件中删除特定行答案

【问题标题】：Remove particular lines from a text file in R从 R 中的文本文件中删除特定行
【发布时间】：2016-07-05 18:07:26
【问题描述】：

我使用sink() 将脚本的输出写入 .txt 文件，但无论出于何种原因，提示也写入了 txt 文件。几天前我问了一个问题来解决这个问题，但没有答案，所以我在这里从不同的角度来处理它。这是我的脚本生成的 txt 文件：

> geno(hdr) 
DataFrame with 12 rows and 3 columns
            Number        Type                         Description
       <character> <character>                         <character>
GT               1      String                            Genotype
GQ               1     Integer                    Genotype Quality
DP               1     Integer                          Read Depth
HDP              2     Integer                Haplotype Read Depth
HQ               2     Integer                   Haplotype Quality
...            ...         ...                                 ...
mRNA             .      String                     Overlaping mRNA
rmsk             .      String                  Overlaping Repeats
segDup           .      String Overlaping segmentation duplication
rCov             1       Float                   relative Coverage
cPd              1      String                called Ploidy(level)

> sink()

因为我想要删除的行是以> 开头的行，所以我在想是否有办法打开 txt 文件并删除那些特定的行。在这种情况下，> geno(hdr) 和 > sink() 行将被删除。我在 R 中根本不擅长正则表达式，所以我不知道这将如何工作。任何帮助表示赞赏。谢谢。

【问题讨论】：

？也许capture.output() 可以代替？
我也试过 capture.output() 。没运气。我真的不知道问题出在哪里，这就是为什么我决定走这条路，而不是拼命想弄清楚
正如您之前的@987654321@ 中所评论的，当我使用sink() 时也不会显示提示。您的 CPU 环境是什么：R 版本/OS/R Studio 或 RScript 或 RCmd 运行代码？
我在 CentOs 6.8 上使用 Rstudio 0.98.1103。 R 版本 3.3.0

标签： regex r

【解决方案1】：

你可以试试这个。逐行读取文件并检查该行是否以>开头，如果不是，则将其追加到新文件中：

con <- file('test.txt', open = 'r')
while(TRUE) {
    line <- readLines(con, n = 1)
    if(length(line) == 0) break
    else if(!startsWith(line, ">")){
        write(line, file = "newTest.txt", append = TRUE)
    } 
}

【讨论】：

是的！完美运行。