BioPerl 模块 Bio::DB::EntrezGene 不再工作答案

【问题标题】：BioPerl module Bio::DB::EntrezGene no longer workingBioPerl 模块 Bio::DB::EntrezGene 不再工作
【发布时间】：2013-04-24 17:59:29
【问题描述】：

我一直在使用来自 BioPerl 的 Bio::DB::EntrezGene 模块来检索给定数字 ID 的 Entrez 基因名称。

这几个月都运行良好，就在两周前。不过，最近它只返回一个错误。

（对我而言）最奇怪的是，即使我只是运行文档中的示例代码，也会发生这种情况。例如，如果我运行这个：

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;
use Bio::DB::EntrezGene;

my $db = Bio::DB::EntrezGene->new;

my $seqio = $db->get_Stream_by_id([2, 4693, 3064]); # Gene ids
    while ( my $seq = $seqio->next_seq ) {
            print "id is ", $seq->display_id, "\n";
    }

exit;

我明白了：

Replacement list is longer than search list at /Library/Perl/5.12/Bio/Range.pm line 251.
UNIVERSAL->import is deprecated and will be removed in a future perl at /Library/Perl/5.12/Bio/Tree/TreeFunctionsI.pm line 94
Data Error: none conforming data found on line 1 in /var/folders/2f/55z0d46n3l10bq650j6svgw89rmqw1/T/mkguvw1MOO/VR86iPUDSJ!
first 20 (or till end of input) characters including the non-conforming data:
::= {
  {
    track-
 at /Library/Perl/5.12/Bio/SeqIO/entrezgene.pm line 171

如果有人对可能发生的事情以及如何解决它有任何想法，我们将不胜感激。谢谢！

【问题讨论】：

标签： perl bioinformatics bioperl

【解决方案1】：

您在此模块所依赖的数据中似乎存在错误。这个文件夹里有什么？

/var/folders/2f/55z0d46n3l10bq650j6svgw89rmqw1/T/mkguvw1MOO/VR86iPUDSJ!

它是如何产生的？

更新

你可能很高兴知道我也犯了同样的错误。数据是从互联网上下载的，来源已损坏。我不知道该联系谁，但这就是问题所在。

【讨论】：

不知道，恐怕。它是某种临时目录，每次我尝试运行脚本时它都会改变。比如我刚才再运行一遍，问题文件变成了/var/folders/2f/55z0d46n3l10bq650j6svgw89rmqw1/T/rl0qhu09c1/pXy8RKI7n3。 /var/folders/2f/55z0d46n3l10bq650j6svgw89rmqw1/T/ 部分仍然存在，但如果我检查那个 T 目录，它没有任何子目录（mkguvw1MOO 和 rl0qhu09c1 都没有）。
啊，这是个好消息——听起来问题出在服务器端。我已经联系了 NCBI 以了解发生了什么。谢谢！
@MattLaFave：进一步看，问题在于数据以Entrezgene-Set ::= 开头，包括三个项目。 BioPerl 只期望Entrezgene ::=，并且不会处理集合。我猜 BioPerl 不会处理这方面的 Entrez 基因数据。
@MattLaFave：如果您查看Bio::ASN1::EntrezGene 模块，next_seq 子例程坚持在数据开头使用Entrezgene ::=。 BioPerl 不会处理 Entrez 基因组。交给你了 :) 你可能想与作者刘明义博士取得联系，但我不能保证你会得到你想要的答复。如果有人愿意邀请我，我很乐意自己升级模块。