读取 SCF 文件时如何解决分段错误（核心转储）？答案

【问题标题】：How to solve segmentation fault (core dumped) while reading SCF files?读取 SCF 文件时如何解决分段错误（核心转储）？
【发布时间】：2019-10-08 01:04:19
【问题描述】：

当我尝试读取 SCF 文件时出现分段错误（核心转储）错误。

我在 perl 中使用 Bio::SCF 模块，并按照“https://metacpan.org/pod/Bio::SCF”中的示例进行操作。

代码如下...

#!/usr/bin/perl
use warnings;
use Bio::SCF;

my $scf = Bio::SCF->new('filename.scf'); # line A
or 
tie %scf, 'Bio::SCF', "filename.scf"; # line B

我希望其中一行读取了 scf 文件，但都没有工作，只是发送“分段错误（核心转储”消息。

我能做什么？有人可以帮忙吗？

【问题讨论】：

请提供输入文件，perl -V的输出，io_lib/staden-read库的版本。
感谢您的关注，我想提供“perl -V”的输出，但似乎太长了。反正perl的版本是v5.28.1。如果您需要更多信息，请告诉我。 “io_lib”的版本是1.14.8，“staden”是2.0.0b11-2016。另外我不知道如何向您提供 scf 文件。这只是普通的 sanger 测序数据，可以在软件“UGENE”中很好地打开。谢谢
我相信你能想出办法给我们提供我们需要的信息so we can reproduce the problem。也许可以向你的同事寻求帮助。

【解决方案1】：

（这不是一个真正的答案，因为您没有提供太多信息，但这是我目前能做的最好的......）

Bio::SCF 是一个已编译的库（请注意 .xs 文件），因此如果您的 perl 安装发生更改并且 BIO::SCF 没有重新编译，它可能很容易损坏。作为第一步，我建议重新安装 BIO::SCF 并确保其测试通过（检查您正在使用的 cpan 客户端的日志）。

【讨论】：