【发布时间】：2021-01-28 11:07:43
【问题描述】：
我正在尝试计算四个数据集（列）中每个基因（行名）的 meta-p 值，并将它们作为第五列添加到我的 df 中。所以基本上现在我每行都有 4 个 p 值。我正在使用 metap 包（函数 sumz），它需要一个 p 值向量作为输入。我对编写 for 循环等完全陌生，所以我很挣扎。
到目前为止，我设法将 sumz 函数应用于每个基因（所以在每一行上）。 首先，我只是将我感兴趣的调整后的 p 值提取到一个 df 中：
df <- df.all[,c(5,10,15,20)]
然后我使用了apply函数：
x <- apply(df, MARGIN = 1, FUN = sumz)
这创建了一个嵌套列表 x，每个基因都有一个子列表。所以我的列表 x 有 138 个子列表（每个子列表都由特定的基因名称调用），然后每个基因里面都有四个“因素”，包括我感兴趣的 p 值。
要获得单个 p 值：x$gene$p 或 x[[gene]]$p
现在，我尝试从嵌套列表 x 中提取每个 p，并将其作为第五列添加到我的 df 中，名为“meta_p”。
我尝试了很多 for 循环的组合，例如：
for (i in 1:length(x)) {
meta_p <- x[[i]]$p
}
或
for (i in 1:length(x)) {
df$meta_p <- x[[i]]$p
}
但它们不起作用，只提取一个值等。 对于从嵌套列表中提取 p 值的任何帮助，我将不胜感激。理想情况下有一个解释，因为我真的很想了解 for 循环。
最好的，
K
【问题讨论】：
标签： r for-loop extract nested-lists