带有空变量的 Else-If 语句不起作用答案

【问题标题】：Else-If Satement with empty variables not working带有空变量的 Else-If 语句不起作用
【发布时间】：2018-05-12 19:07:30
【问题描述】：

我正在尝试在 shell/bash 脚本中编写一个 if-else 条件，该条件将用于许多不同的文件，因此它不适合特定的结构。

我有三个不同的文件，并且从这些文件中的每个文件中选择最多三个不同的变量进入 if-else 语句。在我的脚本中，我在开头写了这个（可能可以用更好的方式写）如下：

ANC1=$(sed -n 1p file1 | cut -f 1 -d' ' )
ANC2=$(sed -n 2p file1 | cut -f 1 -d' ' )
ANC3=$(sed -n 3p file1 | cut -f 1 -d' ' )

ANC11=$(sed -n 1p file2 | cut -f 1 -d' ' )
ANC21=$(sed -n 2p file2 | cut -f 1 -d' ' )
ANC31=$(sed -n 3p file2 | cut -f 1 -d' ' )

ANC15=$(sed -n 1p file3 | cut -f 1 -d' ' )
ANC25=$(sed -n 2p file3 | cut -f 1 -d' ' )
ANC35=$(sed -n 3p file3 | cut -f 1 -d' ' )

例如，从这些文件中，可能会产生以下变量：

echo ${ANC1}
FIN
echo ${ANC2}
NFE
echo ${ANC3}


echo ${ANC11}
FIN
echo ${ANC21}
NFE
echo ${ANC31}


echo ${ANC15}
FIN
echo ${ANC25}
NFE
echo ${ANC35}
SAS

从这里开始，我编写了 if-else 语句（考虑到上述三个文件中可能缺少的变量）。为了理解它，尝试执行以下操作：

第一个条件：如果所有变量都不为空；第二个条件：如果第三个变量是唯一缺失的变量；第三个条件：如果第三个和第二个变量都为空

if [ "${ANC3}" != "" ] || [ "${ANC31}" != "" ] || [ "${ANC35}" != "" ]; then

    echo "***** three variables *****"

    bcftools merge -m both \
    fileref1.genotypes_${ANC1}.vcf.gz \
    fileref1.genotypes_${ANC2}.vcf.gz \
    fileref1.genotypes_${ANC3}.vcf.gz \
    -Oz \
    -o fileref1.new.genotypes_${ANC1}.${ANC2}.${ANC3}.vcf.gz

    bcftools merge -m both \
    fileref2.genotypes_${ANC11}.vcf.gz \
    fileref2.genotypes_${ANC21}.vcf.gz \
    fileref2.genotypes_${ANC31}.vcf.gz \
    -Oz \
    -o fileref2.new.genotypes_${ANC11}.${ANC21}.${ANC31}.vcf.gz

    bcftools merge -m both \
    fileref3.genotypes_${ANC15}.vcf.gz \
    fileref3.genotypes_${ANC25}.vcf.gz \
    fileref3.genotypes_${ANC35}.vcf.gz \
    -Oz \
    -o fileref1.new.genotypes_${ANC15}.${ANC25}.${ANC35}.vcf.gz

elif 
    [ "${ANC3}" == "" -a "${ANC2}" != "" ] || [ "${ANC31}" == "" -a "${ANC21}" != "" ] || [ "${ANC35}" == "" -a "${ANC25}" != "" ]; then

    echo "***** two variables *****"

    bcftools merge -m both \
    fileref1.genotypes_${ANC1}.vcf.gz \
    fileref1.genotypes_${ANC2}.vcf.gz \
    -Oz \
    -o fileref1.new.genotypes_${ANC1}.${ANC2}.vcf.gz

    bcftools merge -m both \
    fileref2.genotypes_${ANC11}.vcf.gz \
    fileref2.genotypes_${ANC21}.vcf.gz \
    -Oz \
    -o fileref2.new.genotypes_${ANC11}.${ANC21}.vcf.gz

    bcftools merge -m both \
    fileref3.genotypes_${ANC15}.vcf.gz \
    fileref3.genotypes_${ANC25}.vcf.gz \
    -Oz \
    -o fileref1.new.genotypes_${ANC15}.${ANC25}.vcf.gz

elif 
    [ "${ANC3}" == "" -a "${ANC2}" == "" ] || [ "${ANC31}" == "" -a "${ANC21}" == "" ] || [ "${ANC35}" == "" -a "${ANC25}" == "" ]; then 

    echo "***** one variable ***** "

    cp fileref1.genotypes_${ANC1}.vcf.gz fileref1.new.genotypes_${ANC1}.${ANC2}.vcf.gz

    cp fileref2.genotypes_${ANC11}.vcf.gz fileref2.new.genotypes_${ANC11}.vcf.gz

    cp fileref3.genotypes_${ANC15}.vcf.gz fileref1.new.genotypes_${ANC15}.vcf.gz

fi

每次我运行这个脚本时，都应该生成 3 个文件，但有时情况并非如此。第一部分有效（对于所有变量都不为空的文件） - 但第二个和第三个条件似乎没有。我也试过[ -z "${ANC3}" ] 和[ -n "${ANC2}" ] 分别表示缺失和非缺失，但这也不起作用。还尝试了[[ ]] 与[ ] 相比，但仍然相同。

我明显遗漏了什么？

【问题讨论】：

变量真的是空的，还是包含空白字符？
我们几乎肯定有您的问题的副本，但它是如此隐藏在代码中，与 if 语句和空变量无关，几乎无法分辨。对于涉及代码的问题，请尝试遵循有关构建minimal reproducible example 的规则——尽可能短的代码其他人可以运行以自行查看问题，并清楚区分实际和预期的输出。
顺便说一句，与一堆sed 调用相比，将前三行中的字段读取到变量中的方法有很多，很多。 { read anc1 _; read anc2 _; read anc3 _; } <file1 一次将前三行的第一列读入三个单独的 shell 变量，不涉及子 shell 或外部命令。
这里不需要sed。例如，{ read ANC1 _; read ANC2 _; read ANC3 _; } < file1。
顺便说一句，还要注意== 作为测试运算符是一个非标准扩展（标准字符串比较运算符是=），使用-a 或-o 组合多个测试是标记为过时（参见pubs.opengroup.org/onlinepubs/9699919799/utilities/test.html 中的[OB XSI] 标记）。并且全大写的名称由对 shell 有意义的变量使用，而具有至少一个小写字符的名称保证不会影响 shell 操作；见pubs.opengroup.org/onlinepubs/9699919799/basedefs/…，第四段。

标签： bash if-statement bioinformatics bcftools

【解决方案1】：

我不确定我是否理解逻辑应该如何工作，但我认为您可能在使用 De Morgan's laws 时遇到了问题，这与逻辑否定与 AND 和 OR 的结合方式有关。英语在这方面往往很草率，所以当你把你想要的东西翻译成代码逻辑时，你必须仔细考虑。具体来说，你说的是“第一个条件：如果所有变量都不为空”，但是对应的if声明：

if [ "${ANC3}" != "" ] || [ "${ANC31}" != "" ] || [ "${ANC35}" != "" ]; then

..实际上对应于“如果任何变量不为空”。

在你给出的例子中，ANC3 和 ANC31 都是空的（所以前两个测试返回为假），ANC35 不是空的（它是“SAS”），所以第三个测试是真的。 false || false || true 的计算结果为真，因此 if 条件整体为真，并且将执行 if 语句的分支。如果只有一个变量不为空，这是否应该发生？

如果我对问题的看法是正确的，那么第一个if 语句应该有&&s 而不是||s，如下所示：

if [ "${ANC3}" != "" ] && [ "${ANC31}" != "" ] && [ "${ANC35}" != "" ]; then

elif 测试也可能存在类似问题，但正如我所说，我不确定我是否理解它应该正确执行的操作。

【讨论】：

技术上你是对的，这就是我第一次遇到的情况。但是，我将其从&& 更改为|| 的原因是因为它适用于所有三个文件（file1、file2、file3）作为and/or。也就是说，例如，对于第一个条件，它不是if all three variables are not empty in all three files then do stuff。它的if all three variables are not empty in any of the 3 files, then do stuff in the files where the three variables are not empty。这也是以下两个条件中的逻辑。那有意义吗？很抱歉让这个令人费解。

【解决方案2】：

这不是一个完整的答案，但这里是简单的 POSIX shell 示例，给定变量 $x、$y 和 $z：

第一个条件：如果所有变量都不为空；

[ "$x" -a "$y" -a "$z" ] && do_stuff

第二个条件：如果第三个变量是唯一缺失的变量；

[ "$x" -a "$y" -a ! "$z" ] && do_stuff

第三个条件：如果第三个和第二个变量为空

[ "$y$z" ] || do_stuff

【讨论】：