假设您有以下要为 docker 映像安装的软件包列表
("jsonlite","dplyr","stringr","tidyr","lubridate",
"knitr","purrr","tm","cba","caret",
"plumber","httr")
安装这些实际上需要大约 1 小时！
关于如何加快这样的事情的任何建议？ （或者如何防止在每次新镜像构建时重新安装？）
旁注
我不会像这样从 dockerfile 安装这些包：
RUN Rscript -e "install.packages('stringr')
...
相反，我创建了一个 R 脚本 Requirements.R 来安装这些包并简单地执行以下操作：
RUN Rscript Requirements.R
这些是否不如直接从 Dockerfile 安装包优化？
【问题讨论】：
标签： r docker dockerfile
尽可能使用二进制包，就像我们在Rocker Project 中经常做的那样，为 R 提供多个 Docker 文件，包括官方的 r-base 文件。
如果你从 Ubuntu 开始，你会得到 Michael's PPAs 超过 3000 多个软件包；如果您从 Debian 开始，您从发行版中获得的收益会更少，但仍然有很多必不可少的。 （有一些努力为 Debian 带来更多的二进制包，但现在没有任何进展。）
最后，Dockerfile 创建当然也是编译时间。您花费一次时间（每个容器创建）并在之后可能多次重复使用。此外，通过使用 Docker Hub，您可以避免花费本地 CPU 周期。
2020 年 9 月编辑：(updated) Ubuntu PPA 现在有超过 4600 个用于三个最新 LTS 版本的包。仍然强烈，强烈推荐。
【讨论】：
install2.r tidyverse，它似乎是从我的机器上的源代码安装的。有没有办法让这些语句从二进制文件中加载？谢谢！
r-cran-* 二进制文件和来自 CRAN 的两个不可用的二进制软件包。
我找到了一个article，它描述了如何从预编译的二进制文件安装 R 包。它将我们 Jenkins 服务器上的构建时间从 45 分钟缩短到 3 分钟。
这是我的Dockerfile：
FROM rocker/r-apt:bionic
WORKDIR /app
RUN apt-get update && \
apt-get install -y libxml2-dev
# Install binaries (see https://datawookie.netlify.com/blog/2019/01/docker-images-for-r-r-base-versus-r-apt/)
COPY ./requirements-bin.txt .
RUN cat requirements-bin.txt | xargs apt-get install -y -qq
# Install remaining packages from source
COPY ./requirements-src.R .
RUN Rscript requirements-src.R
# Clean up package registry
RUN rm -rf /var/lib/apt/lists/*
COPY ./src /app
EXPOSE 5000
CMD ["Rscript", "Server.R"]
您可以添加带有包名的文件requirements-bin.txt：
r-cran-plumber
r-cran-quanteda
r-cran-irlba
r-cran-lsa
r-cran-caret
r-cran-stringr
r-cran-dplyr
r-cran-magrittr
r-cran-randomforest
最后，requirements-src.R 用于无法作为二进制文件提供的软件包：
pkgs <- c(
'otherpackage'
)
install.packages(pkgs)
【讨论】：
我最终按照@DirkEddelbuettel 的建议使用了rocker/r-base。还要感谢How to avoid reinstalling packages when building Docker image for Python projects?，我以一种不会在每次重建 docker 映像时都重新安装包的方式编写 Dockerfile。
我想分享我的 Dockerfile 现在的样子，希望这对其他人有所帮助：
FROM rocker/r-base
RUN apt-get update
# install packages
RUN apt-get -y install libcurl4-openssl-dev
RUN apt-get -y install libssl-dev
# set work directory
WORKDIR /myapp
# copy requirments R script
COPY ./Requirements.R /myapp/Requirements.R
# run requirments R script
RUN Rscript Requirements.R
COPY . /myapp
EXPOSE 8094
ENV NAME R-test-service
CMD ["Rscript", "my_R_api.R"]
【讨论】：