在matlab中调用外部脚本并捕获输出答案

【问题标题】：Calling external script in matlab and capturing output在matlab中调用外部脚本并捕获输出
【发布时间】：2012-03-12 23:22:43
【问题描述】：

嘿，所以我有一个 bash 命令，它根据读取某个文件来回显一个字符串。简单来说就是这样的

for line in `cat file`
do
if [ "$line" == "IwantThisLine" ]
then   
echo "True"
fi
done

我将它保存为自己的单独脚本。它称为 readRef.sh。所以现在我想在 matlab 中调用它并将它输出的任何内容存储在一个变量中！我不完全确定如何做到这一点，在 system() 上使用 evalc() 时似乎出现错误。但这可能只是我搞砸了报价。

我尝试了类似的东西

evalc(system(['./readRef.sh ' bamfile']))

“bamfile”是一个变量，它只是一个指向 bamfile 路径的字符串。

我收到此错误。

>> tes = evalc(system(['./readRef.sh ' smplBamFile])) 
hg18 
??? Undefined function or method 'evalc' for input arguments of type 'double'.

巧合的是，它确实吐出了“hg18”，这是我想将 matlab 变量设置为的值。

【问题讨论】：

那么，您能否提供您尝试运行脚本的evalc/system 命令以及随附的错误消息？（顺便说一句 - 当你从 bash 运行脚本时它本身是否工作（即sh ./readRef.sh？）你设置了可执行位吗？）
看起来smplBamFile 可能不是字符串 - 你能做到class(['./readRef.sh ' smplBamFile])吗？
我认为这个特定的文件在标题中没有引用，因为这就是我的脚本读取引用的方式，所以它什么也没有回应。所以当我单独运行它时，它返回 0。你认为这是为什么？
如果我输入 evalc(0) 它会给我完全相同的错误。我很确定这是正在发生的事情。无论如何，让我们假装它没有给我一个错误。你还能帮我解决原来的问题吗？一个简单的例子就可以了，还是我已经做对了？

【解决方案1】：

哦，我明白了。我认为你根本不需要evalc。阅读system docs 你可以这样做：

[status, result] = system('echo True; echo "I got a loverly bunch of coconuts"')

而result 将是

True
I got a loverly bunch of coconuts

那就这样吧：

 [status, result] = system(['./readRef.sh ' smplBamFile])

evalc 不起作用的原因是它要求它的输入是一个字符串中的 Matlab 表达式，但您将system 的结果传递给它。

你可以试试：

 evalc("system(['./readRef.sh ' smplBamFile])")

看看我是如何将system(...) 作为字符串传递的？

【讨论】：

是的，我已经尝试将 system(...) 作为字符串传递，但不幸的是，这给了我一个意外错误。我会试试你说的，让你知道，谢谢。
如果您也尝试过将其作为字符串传递，那么请将该尝试和您的错误放在问题中。每当您提出问题时，请将所有您的尝试和相关的错误消息放入其中 - 这将对试图帮助您的人有很大帮助，并防止他们错误识别你的问题不是它。

【解决方案2】：

您收到此错误的原因是因为system(...) 返回它运行的命令的返回码，而不是它的输出。要捕获其输出，请使用

[~, output] = system(...)
tes = evalc(output);

【讨论】：