【问题标题】:Is there a way to make a plot clickable so it will tell me what EEG channel I am looking at?有没有办法让一个情节可以点击,所以它会告诉我我在看什么脑电图频道?
【发布时间】:2021-04-16 20:51:24
【问题描述】:

注意:这是一个与鼠标脑电图数据绘图有关的问题。

我制作了一个图表,显示过滤后的 EEG 电极通道的平均试验信号。在绘制此图时,我看到了一些我想从绘图中排除的信号,但我无法判断绘制了哪些通道。有没有办法添加一些东西,让我可以单击或悬停在其中一个绘制的线/通道上,并让我的 jupyter 笔记本告诉我我单击/悬停在哪个通道上?

这是我希望可以点击的情节:

如果有帮助,这是我用来制作绘图的代码:

pick_stim = 'opto'
pick_param = '500ms'
pick_sweep = 0

prex = .1 # .2ms before stim to plot
postx = .1 # .6ms after stim to plot

auc_window = [-.04, .1]

fig, axs = plt.subplots(1,2, figsize=(9,5), sharex=True, sharey=True, constrained_layout=True)

run_timex = trial_running[pick_stim][pick_param][pick_sweep][0]
run_trials = trial_running[pick_stim][pick_param][pick_sweep][1] #running speed


ztimex = zscore_traces[pick_stim][pick_param][pick_sweep][0] #need for AUC
zscore_trials_all = zscore_not_mean_traces[pick_stim][pick_param][pick_sweep][1] 

# Run trials #
mean_run_zscore = np.mean(zscore_trials_all[:,:,run_trial], axis=2)
run_zscore_inds = np.nonzero((ztimex >= auc_window[0]) & (ztimex <= auc_window[1]))[0] 
run_zscore_trace = mean_run_zscore[run_zscore_inds,:]
axs[0].plot(ztimex[run_zscore_inds],run_zscore_trace, color='black', linewidth=0.6, alpha=0.8)
#axs[0].plot(run_timex, run_trials, color='k', linewidth=0.6)
axs[0].axvspan(-.001, .001, color='r', alpha=0.5)
#axs[0].set_xlim([-prex, postx])
axs[0].set_title('Run trials')

# No Run #

mean_no_run_zscore = np.mean(zscore_trials_all[:,:,no_run], axis=2)
no_run_zscore_inds = np.nonzero((ztimex >= auc_window[0]) & (ztimex <= auc_window[1]))[0] 
no_run_zscore_trace = mean_no_run_zscore[no_run_zscore_inds,:]
axs[1].plot(ztimex[no_run_zscore_inds],no_run_zscore_trace, color='black', linewidth=0.6, alpha=0.8)
axs[1].axvspan(-.001, .001, color='r', alpha=0.5)
axs[1].set_title('No Run trials')   

【问题讨论】:

    标签: matplotlib jupyter-notebook mouse neuroscience


    【解决方案1】:

    您可以为每条曲线添加标签,然后使用mplcursors 在悬停时(或使用hover=False 单击时)显示注释。

    请注意,要在 Jupyter 笔记本中创建交互式绘图,需要 %matplotlib notebook(这可能取决于 Jupyter 的安装方式),而不仅仅是 %matplotlib inline(生成静态图像)。见Docs

    这是一个示例,显示了一些测试数据的总体思路:

    %matplotlib notebook
    import matplotlib.pyplot as plt
    import numpy as np
    import mplcursors
    
    np.random.seed(123)
    x = np.arange(100)
    y = np.random.randn(100, 20).cumsum(axis=0)
    
    fig, ax = plt.subplots()
    curves = plt.plot(x, y, color='black', alpha=0.3)
    for ind, curv in enumerate(curves):
        curv.set_label(f'curve nº{ind}')
    cursor = mplcursors.cursor(curves, hover=True)
    cursor.connect('add', lambda sel: sel.annotation.set_text(sel.artist.get_label()))
    plt.show()
    

    【讨论】:

    • 如果这回答了您的问题,您可以考虑投票和/或accepting 答案。
    • 谢谢!我要试一试,这应该可以满足我的要求。
    猜你喜欢
    • 1970-01-01
    • 2015-11-06
    • 2023-01-24
    • 1970-01-01
    • 2011-09-15
    • 2020-12-25
    • 1970-01-01
    • 2021-11-16
    • 1970-01-01
    相关资源
    最近更新 更多