计算值的唯一组合答案

【问题标题】：count unique combinations of values计算值的唯一组合
【发布时间】：2012-02-10 08:05:43
【问题描述】：

我的数据框如下所示：

ID | value 1 | value 2 | value 3 | value 4
1  |    M    |    D    |    F    |   A
2  |    F    |    M    |    G    |   B
3  |    M    |    D    |    F    |   A
4  |    L    |    D    |    E    |   B

我想要这样的东西。

value 1 | value 2 | value 3 | value 4|  Number of combinations
  M     |    D    |    F    |   A    |     2
  F     |    M    |    G    |   B    |     1
  L     |    D    |    E    |   B    |     1

例如计算列值 1 - 值 4 的唯一组合数。

【问题讨论】：

标签： r unique combinations

【解决方案1】：

plyr 包中的count 将完成该任务。

> df
  ID   value.1   value.2   value.3 value.4
1  1     M         D         F           A
2  2     F         M         G           B
3  3     M         D         F           A
4  4     L         D         E           B
> library(plyr)
> count(df[, -1])
    value.1   value.2   value.3 value.4 freq
1     F         M         G           B    1
2     L         D         E           B    1
3     M         D         F           A    2

【讨论】：

【解决方案2】：

N <- 10000

d <- data.frame(
  ID=seq(1, N), 
  v1=sample(c("M","F", "M", "L"), N, replace = TRUE), 
  v2=sample(c("D","M","D","D"), N, replace = TRUE), 
  v3=sample(c("F","G","F","E"), N, replace = TRUE),
  v4=sample(c("A","B","A","B"), N, replace = TRUE)
)

有data.table（最快）

dt <- data.table::as.data.table(d)
dt[, .N, by = c('v1','v2','v3','v4')]

使用 dplyr

dplyr::count_(d, vars = c('v1','v2','v3','v4'))

使用 plyr

plyr::count(d, vars = c('v1','v2','v3','v4'))
plyr::ddply(d, .variables = c('v1','v2','v3','v4'), nrow)

有聚合（最慢）

aggregate(ID ~ ., d, FUN = length)

基准测试

microbenchmark::microbenchmark(dt[, .N, by = c('v1','v2','v3','v4')],
                               plyr::count(d, vars = c('v1','v2','v3','v4')),
                               plyr::ddply(d, .variables = c('v1','v2','v3','v4'), nrow),
                               dplyr::count_(d, vars = c('v1','v2','v3','v4')),
                               aggregate(ID ~ ., d, FUN = length), 
                               times = 1000)

Unit: microseconds
                                                         expr      min       lq      mean   median        uq        max neval  cld
                     dt[, .N, by = c("v1", "v2", "v3", "v4")]  887.807 1107.543  1263.777 1174.258  1289.724   4263.156  1000 a   
             plyr::count(d, vars = c("v1", "v2", "v3", "v4")) 3912.791 4270.387  5379.080 4498.053  5791.743 157146.103  1000   c 
 plyr::ddply(d, .variables = c("v1", "v2", "v3", "v4"), nrow) 7737.874 8553.370 10630.849 9018.266 11126.517 187301.696  1000    d
           dplyr::count_(d, vars = c("v1", "v2", "v3", "v4")) 2126.913 2432.957  2763.499 2568.251  2789.386  12549.669  1000  b  
                           aggregate(ID ~ ., d, FUN = length) 7395.440 8121.828 10546.659 8776.371 10858.263 210139.759  1000    d

似乎最好简单地使用data.table 而不是data.frame，因为它是最快的并且不需要其他函数或库来计算。另请注意，aggregate 函数在大型数据集上的执行速度要慢得多。

最后一点：随时更新新方法。

【讨论】：

我认为您应该显示更大数据集的结果。另外，在查看args(plyr::count) 之后，我猜plyr::count(d, c('v1','v2','v3','v4')) 可能是正确的。可能还有一个dplyr::count 可以考虑。
@Frank，它现在基于 10k 行。
好的，谢谢。另一点：length(ID) 现在似乎不会给出正确的结果，因为ID 重复值。测试方法间结果的相等性通常是一个好主意。哦，没关系，我想它有什么价值并不重要。 Fwiw，data.table 速度快的原因记录在?GForce。
它们给出了不同的格式，但 tapply(d$ID, d[, -1], length) 和 table(d[, -1]) 在这种特殊情况下也很快。

【解决方案3】：

没有 plyr。

aggregate(ID ~ ., d, FUN=length)# . means all variables in d except ID

【讨论】：

不错，但与 plyr::count 相比非常 (!!) 慢。从 microbenchmark 测试，4000x500 DF 总结 3 列的频率，似乎 count 快 20 倍（！）。

【解决方案4】：

这里是使用plyr 包的解决方案

library(plyr)
d <- data.frame(
    ID=seq(1,4), v1=c("M","F", "M", "L"), 
    v2=c("D","M","D","D"), v3=c("F","G","F","E"), v4=c("A","B","A","B")
)
ddply(d,.(v1,v2,v3,v4), nrow)

我希望这不是家庭作业...

【讨论】：