在一台机器上的 OS X 上使用 mpirun答案

【问题标题】：Using mpirun on OS X on one machine在一台机器上的 OS X 上使用 mpirun
【发布时间】：2011-03-02 23:50:35
【问题描述】：

我在 OS X 的单机模式下使用 mpirun 时遇到问题。使用 mpirun -np 5 my_program 运行我的程序时，我得到以下错误输出：

[...-MacBook-Pro.local:85936] [0,0,0] ORTE_ERROR_LOG: Timeout in file /SourceCache/openmpi/openmpi-8/openmpi/orte/mca/pls/base/pls_base_orted_cmds.c at line 275
[...-MacBook-Pro.local:85936] [0,0,0] ORTE_ERROR_LOG: Timeout in file /SourceCache/openmpi/openmpi-8/openmpi/orte/mca/pls/rsh/pls_rsh_module.c at line 1158
[...-MacBook-Pro.local:85936] [0,0,0] ORTE_ERROR_LOG: Timeout in file /SourceCache/openmpi/openmpi-8/openmpi/orte/mca/errmgr/hnp/errmgr_hnp.c at line 90
mpirun noticed that job rank 1 with PID 85940 on node ...-MacBook-Pro.local exited on signal 6 (Abort trap). 
2 additional processes aborted (not shown)

显然，默认情况下mpirun 使用rsh 连接到机器。我尝试改用ssh，但没有帮助：

mpirun --mca pls_rsh_agent ssh -np 5 my_program

然后，我尝试使用共享内存 (sm) BTL，但也没有用：

mpirun --mca btl self,sm -np 5 my_program

最后，我尝试使用机器文件指定我只想使用localhost，但这也没有帮助：

mpirun -np 5 -machinefile machinefile.local my_program

这里，machinefile.local 仅在（单个）第一行包含 localhost。

在上述所有情况下，我都会收到上述超时错误。

另外，我确认我的 Mac OS X 防火墙没有运行，我可以 ssh 进入我的机器。

【问题讨论】：

标签： macos openmpi

【解决方案1】：

看来您使用的是 fink 的 OpenMPI 版本，对吗？你在 /usr/bin 和 /usr/lib 中还有原来的 1.2.x MPI 吗？寻找奇怪的启动问题的第一个地方是 MPI 库的版本冲突。

首先尝试像/usr/bin/mpirun -np 5 hostname 这样简单的东西，然后无论你的fink mpirun 在哪里做同样的事情：/path/to/fink/mpirun -np 5 hostname，只是为了确保两个MPI 启动器在非MPI 程序上工作。然后在my_program 上执行ldd；它链接到哪些库？为这些库使用适当的mpirun，看看是否可行。

【讨论】：

【解决方案2】：

检查您的防火墙并确保它允许 mpirun 建立入站和出站连接。

【讨论】：