找不到存在的文件（hdf5、h、mpi.h、fftw3.h、libGLU.so.1） - Athena++ 和 Visit 需要答案

【问题标题】：Can't find files which exist (hdf5,h, mpi.h, fftw3.h, libGLU.so.1) - needed for Athena++ and Visit找不到存在的文件（hdf5、h、mpi.h、fftw3.h、libGLU.so.1） - Athena++ 和 Visit 需要
【发布时间】：2019-10-24 14:36:56
【问题描述】：

对于 Linux 来说相对较新，并尝试使用一个程序（Athena++ - https://github.com/PrincetonUniversity/athena-public-version/wiki - ，一个磁流体动力学代码）来进行我的学习。

我已经按照那里的教程进行操作，可以运行更简单的模拟，但是对于需要 mpi 或 hdf5 的任何东西，我遇到了一个问题，它说致命错误：hdf5.h：没有这样的文件或目录

[sferrel6@phys44222 athena]$ make
g++  -O3 -std=c++11 -c src/main.cpp -o obj/main.o
In file included from src/main.cpp:43:0:
src/outputs/outputs.hpp:22:18: fatal error: hdf5.h: No such file or directory
 #include <hdf5.h>
                  ^
compilation terminated.
make: *** [obj/main.o] Error 1

同样，我在 mpi.h、fftw3.h 和（尝试使用访问时）libGlu.so.1 时遇到同样的问题

这些文件确实存在，但我不知道如何让我的程序看到它们。

$ find -iname "hdf5.h"
~/local/anaconda2/pkgs/hdf5-1.10.4-nompi_h3c11f04_1106/include/hdf5.h
~/local/anaconda2/pkgs/hdf5-1.10.4-hb1b8bf9_0/include/hdf5.h
~/local/anaconda2/include/hdf5.h

$ find -iname "mpi.h"
~/local/anaconda2/pkgs/openmpi-4.0.1-hc99cbb1_2/include/mpi.h
~/local/anaconda2/include/mpi.h

find -iname "libGLU.so.1"
~/local/anaconda2/lib/libGLU.so.1
~/local/anaconda2/pkgs/libglu-9.0.0-hf484d3e_1/lib/libGLU.so.1

我尝试在 .bash_profile 中更新我的路径（我在 RHEL7 上）以包含这些路径，但无济于事 - 仍然是同样的错误。我也尝试使用 export CPATH='~/local/anaconda2/include' 但这没有帮助。

请注意，我正在使用大学机器，这意味着我不能使用 sudo（为什么一切都通过 anaconda）。还有就是说我的目录结构有点不正统。

~ 是 nethome/myname 并且空间非常有限，所以我所有的工作都在 /localdata/myname 中，通过 ~/local 的符号链接可以访问

我还尝试将这些特定文件复制到我的 Athena 目录（~/local/athena，我从中运行我的 athena Makefile），希望它能够找到它们并且我可以更好地诊断问题。那里也没有运气。

【问题讨论】：

我用cpp -v 测试了搜索路径，发现我所有的搜索路径都在usr 中，所以添加了（使用CPATH，不知道我对此感觉如何）nethome/myname/local/anaconda2/include 克服了大多数这些错误。我似乎仍然有一个库错误，因为它找不到 -lhdf5

标签： mpi hdf5 openmpi

【解决方案1】：

能够通过使用cpp -v 测试编译器搜索路径来解决此问题，这确定我的搜索路径没有找到我能够找到这些各种.h 文件的位置。我使用

更新了这个

export CPATH='/nethome/myname/local/anaconda2/include:/nethome/myname/local/anaconda2/lib'

我确信有更好的方法来做到这一点（因为我已经看到在我的各种谷歌搜索中不要使用 CPATH 的警告），但如果你遇到这个问题，这至少是我发现对我有用的方法.

【讨论】：