将 bash 脚本合并到 R 包中？

Question

背景

我正在编写一个 R 包来支持可重复的研究。在这一点上，工作流主要由 bash 脚本组成，我可以通过发送像 ./runscript.sh 这样的单个命令来运行分析。我将 bash 用于以下用途：

1. 文件操作tar、rsync、'重命名'
2. 在本地和通过ssh 运行 bash 文件
3. 使用 R --vanilla 运行 R 脚本，然后调用 R 函数
4. 使用sed在文件中查找和替换文本
5. 通过qsub提交工作

在我看来，从 R 函数或 R 脚本执行整个工作流程会更有效率（更简洁、更容易）。我偏爱 R，因为我更熟悉它并且主要在 emacs ESS 中工作。

问题

1. 使用system 和files 函数在R 中封装所有这些bash 用途是否值得？

2. 是否还有其他我尚未发现的 R 包可以对此有所帮助？

注意事项

按照 Al3xa 的回答，我意识到重要的是要注意使用例如速度损失。 1000-2000 个文件上的 tar 和 gsub 的 R 与 bash 版本可能会少于工作流中当前的速率限制步骤：JAGS（~10-20 分钟）和 FORTRAN（>4 小时）的计算

Answer 1

我非常喜欢使用 R 作为“集成”环境与 bash 脚本。我正在将所有 bash 和 ruby​​ 脚本移至 Rscript，因为我需要对它们进行更改。

只有几个理由不将所有想到的东西都移到 R 中。我主要指的是使用Rscript来完成这个

1) 速度，根据我的测试，在我遇到的任何情况下都会产生中等影响，相对于您提到的时间而言，这将是微不足道的。

2) 可移植性，因为 Rscript 等的路径可能因系统而异。我在 OS X 上写东西并将它们移动到 Linux 服务器上没有问题，但在 Windows 上可能会中断。

我书中的优点是：

1) 对我来说写起来容易多了。我不必在带有条件语句和 for 循环之类的细微特性之间来回切换。

2) 更宽容。我无法描述我花了多少时间试图让 bash 脚本工作，因为我不小心有一个我不应该有的空间。 R 在这方面要好得多（是的，当然，我们都应该完美地遵循 R 中的约定，但如果我不这样做，我宁愿它不会耽误我几个小时）。

3) 我做得更好。对于 tar 一个文件，这并不重要，但我发现我在 R 中比 awk/sed 做更好的文本操作。

Re: 有用的软件包——据我所知，这并不存在，但我喜欢基于 R 的 make 版本。make 的语法是目前最不灵活的一种（制表符 vs空格？真的吗？） - 我很想写一个基于 R 的替代方案。总有一天，我会...

Answer 2

嗯，有tar、gsub 等功能。无论如何，我猜你愿意创建一个跨平台的解决方案。为了速度，您应该更喜欢 bash，并且仅将 R 用于特定于 R 的功能。我发现将所有基于系统的命令包装在system 和/或file.* 中没有用处...它会慢得多...如果您使用的是Linux，我建议littler 而不是@987654326 @接口。