创建 HDF5 数据集时出现“ValueError: Not a location id (Invalid object id)”答案

【问题标题】："ValueError: Not a location id (Invalid object id)" while creating HDF5 datasets创建 HDF5 数据集时出现“ValueError: Not a location id (Invalid object id)”
【发布时间】：2018-03-07 11:41:21
【问题描述】：

我有一个大小为 (3997,29) 的 numpy 数组(arr)。我正在使用这个数组来创建一个数据集。该数组具有整数和浮点变量。所以 dtype 是参考。但是当我执行它时，我得到以下错误。

"ValueError: Not a location id (Invalid object id)"

with h5py.File("test1.h5", 'w') as f:
     grp = f.create_group('Nodes')

with h5py.File("test1.h5", 'r+') as f:
     grp = f.require_group('Nodes')

ref_dtype = h5py.special_dtype(ref=h5py.Reference)

arrshape = np.shape(arr)

dset = grp.create_dataset('Init' ,arrshape, dtype = ref_dtype , data= arr)

错误发生在最后一行。以下是回溯消息
dset = f.create_dataset('Init' ,arrshape, dtype = ref_dtype , data= arr)

文件“C:\Users\rupesh.n\AppData\Local\Continuum\anaconda3\lib\site-packages\h5py_hl\group.py”，第 108 行，在 create_dataset dsid = dataset.make_new_dset(self, shape, dtype, data, **kwds)

文件“C:\Users\rupesh.n\AppData\Local\Continuum\anaconda3\lib\site-packages\h5py_hl\dataset.py”，第 137 行，在 make_new_dset dset_id = h5d.create(parent.id, None, tid, sid, dcpl=dcpl)

文件“h5py_objects.pyx”，第 54 行，在 h5py._objects.with_phil.wrapper 中

文件“h5py_objects.pyx”，第 55 行，在 h5py._objects.with_phil.wrapper 中

文件“h5py\h5d.pyx”，第 79 行，在 h5py.h5d.create 中

ValueError: Not a location id (Invalid object id)

【问题讨论】：

我可以猜到错误发生在最后一行，但通常我们要求从错误中回溯来确定。另一个疯狂的猜测是当你尝试访问grp 时f 没有打开，而invalid object id 指的是grp。除了猜测，我们还需要minimal reproducible example。
@Vovanrock2002，是的，错误发生在最后一行。更新了回溯消息。
问题已解决。一旦我们退出循环，文件对象就被关闭了。现在解决了。

标签： python numpy object-identity

【解决方案1】：

当有人尝试使用封闭句柄创建新数据集时，经常会发生此错误。如果您正在迭代，请确保您没有在循环内关闭文件。我遇到了和 OP 一样的问题。

【讨论】：

【解决方案2】：

这个问题有点老了，但如果其他人在这里遇到同样的问题，我会稍微澄清一下答案。 @WilderField 是正确的，但要更清楚一点。

在最后一行：

dset = grp.create_dataset('Init' ,arrshape, dtype = ref_dtype , data= arr)

grp 指向 已关闭 h5py.Group 用于：

with h5py.File("test1.h5", 'r+') as f:
     grp = f.require_group('Nodes')

因为grp 被设置为指向with... 上下文管理器中的组，所以grp 只是该上下文管理器中的一个开放组。当上下文管理器退出时，HDF 和与 HDF 关联的所有组/数据集都将关闭。这种行为是为了防止 HDF 被丢失的指向 HDF 对象的指针保持打开状态。

解决方案是在上下文管理器内部创建h5py.Dataset，即：

with h5py.File("test1.h5", 'r+') as f:
     grp = f.require_group('Nodes')
     dset = grp.create_dataset('Init' ,arrshape, dtype = ref_dtype , data= arr)

同样，一旦上下文管理器关闭，dset 将指向一个 Closed h5py.Dataset，所以除非你真的想用它做更多的事情，否则调用 @ 就足够了987654332@ 没有将返回分配给dset。

【讨论】：