处理文件路径 - Python 3.8

Question

我有一个关于 glob 和文件路径的问题 - 假设我有一个静态文件路径，格式为

G:\ML_CDetector_ImageArchive\BreastCancer\RawFolder\Duke-Breast-Cancer-MRI\Duke-Breast-Cancer-MRI

我想在之后为文件夹添加变量路径，因为每个患者的文件夹命名约定不同 - 而患者文件夹约定是标准的，例如：

Breast_MRI_XXX - 其中 x 是 1-922 之间的数字（通过使用 while 循环我已经能够处理），最后内部文件夹是它变得有点时髦的地方，但我又一次没有去过能够通过以下通配符运算符的使用通过 glob 处理此问题：

f"{currentPatient}\\*\\ 现在在文件夹中还有几个我想输入的文件夹，以便名称部分匹配：

gl.glob(f"{currentPatient}\\*\\[3rd]*\\*.dcm") 但令我沮丧的是，我无法像以前那样获得正确的文件夹

for item in globInnerFolder:
                print(item)

我返回了一个空的打印形式：

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[]
[]
[]

什么都没有显示，也没有错误 - 我将如何执行以下操作 - 快速说明我已经尝试使用 glob 和 iglob 来查看是否有任何返回和 nada：

    fpMainFolder        = gl.glob("G:\\ML_CDetector_ImageArchive\\BreastCancer\\RawFolder\\Duke-Breast-Cancer-MRI\\Duke-Breast-Cancer-MRI\\")
    # Loop Variable
    j = 0
    
    # while (j < len(csvList)):
    while (j < 10):
        # Image Configuration
        currentPatient      = str(csvList[j][0])
        # yStartPixel       = int(csvList[j][1])
        # yEndPixel         = int(csvList[j][2])
        # xStartPixel       = int(csvList[j][3])
        # xEndPixel         = int(csvList[j][4])
        # sliceStart        = int(csvList[j][5])
        # sliceEnd          = int(csvList[j][6])
        
        #imageSize          = (yEndPixel - yStartPixel), (xEndPixel - xStartPixel)
        
        # Patient Folder Loop Variable
        try:
            globInnerFolder     = gl.glob(f"{currentPatient}\\*\\[3rd]*\\*.dcm")
            print(globInnerFolder)
            for item in globInnerFolder:
                print(item)
        except:
            try:
                globInnerFolder = gl.iglob(f"{currentPatient}\\*\\[ph3ax]*\\*.dcm")
                for item in globInnerFolder:
                    print(item)
            except:
                print("Exiting - No File Structure Found")
                exit()

这是一个完整文件路径的示例

G:\ML_CDetector_ImageArchive\BreastCancer\RawFolder\Duke-Breast-Cancer-MRI\Duke-Breast-Cancer-MRI\Breast_MRI_001\01-01-1990-MRI BREAST BILATERAL WWO-97538\3.000000-ax dyn pre-93877

Answer 1

我找到了解决问题的方法 - 使用 glob，我可以遍历文件夹并返回包含所有给定文件夹的列表，使用此方法我可以从列表中选择适当的元素，并考虑到患者是静态的（意味着每个患者中只有一个文件夹，然后是该结构中的更多文件夹）

我再次使用 glob 来匹配特定的内部文件夹，并使用列表中的第一个元素来返回文件夹路径的字符串，然后使用字符串连接我通过使用 glob 来匹配内部文件夹来构建动态文件夹搜索。

    fpMainFolder        = "G:\\ML_CDetector_ImageArchive\\BreastCancer\\RawFolder\\Duke-Breast-Cancer-MRI\\Duke-Breast-Cancer-MRI\\"
    j = 0
    while j < len(csvList):
        currentPatient      = str(csvList[j][0])
        yStartPixel         = int(csvList[j][1])
        yEndPixel           = int(csvList[j][2])
        xStartPixel         = int(csvList[j][3])
        xEndPixel           = int(csvList[j][4])
        sliceStart          = int(csvList[j][5])
        sliceEnd            = int(csvList[j][6])
        fpPatientPath       = f"{currentPatient}"
        fpMriPass           = glob((fpMainFolder + fpPatientPath + "\\*\\" ))
        fpMriPass           = fpMriPass[0]
        fpThirdPass         = glob((fpMriPass + "\\*3rd*\\"))
        if len(fpThirdPass) == 0:
            fpThirdPass     = glob((fpMriPass + "\\*Ph3ax*\\"))
        print(fpThirdPass)
        
        for i in range((sliceEnd - sliceStart) + 1):
            try:
                fpDCMImage          = "1-" + "0" + str(sliceStart + i) + ".dcm"
                completeFp          = fpThirdPass[0] + fpDCMImage
                openDicom           = dcmread(completeFp)
                # Matplotlib -> Image Show -> Pixel Limits of X and Y -> Tumor Location
                plt.imsave("G:\\ML_CDetector_ImageArchive\\BreastCancer\\TrainingSet\\PatientImages\\TFJPEG_"      + currentPatient + "_TumourImageSlice"      + str(i) + ".jpg",
                           openDicom.pixel_array[yStartPixel:yEndPixel,xStartPixel:xEndPixel],
                           cmap=plt.cm.twilight,
                           origin = 'lower')
            except:
                try:
                    fpDCMImage          = "1-" + str(sliceStart + i) + ".dcm"
                    completeFp          = fpThirdPass[0] + fpDCMImage
                    openDicom           = dcmread(completeFp)
                    # Matplotlib -> Image Show -> Pixel Limits of X and Y -> Tumor Location
                    plt.imsave("G:\\ML_CDetector_ImageArchive\\BreastCancer\\TrainingSet\\PatientImages\\TFJPEG_"   + currentPatient + "_TumourImageSlice"      + str(i) + ".jpg",
                           openDicom.pixel_array[yStartPixel:yEndPixel,xStartPixel:xEndPixel],
                           cmap=plt.cm.twilight,
                           origin = 'lower')
                except Exception as e:
                    print(e)
        j += 1

在没有找到匹配项的情况下，我使用 if 语句检查返回的列表的大小。如果 glob 无法匹配第一种格式，我的列表将返回长度为 0，我运行第二个匹配参数，将返回一个大小大于 0 的数组，因此我可以再次使用列表中的第一个元素并从中获取文件路径。

        fpMriPass           = glob((fpMainFolder + fpPatientPath + "\\*\\" ))
        fpMriPass           = fpMriPass[0]
        fpThirdPass         = glob((fpMriPass + "\\*3rd*\\"))
        if len(fpThirdPass) == 0:
            fpThirdPass     = glob((fpMriPass + "\\*Ph3ax*\\"))
        print(fpThirdPass)

这可能不是最有效的解决方案，但它确实解决了我无法访问不遵循标准命名约定的文件夹的问题。

我希望这有助于作为未来的参考。