JUNG 中的随机二分网络生成器答案

【问题标题】：random bipartite network generator in JUNGJUNG 中的随机二分网络生成器
【发布时间】：2013-10-16 14:44:50
【问题描述】：

我正在尝试实现 Guillam, Latapy, “Bipartite graphs as models of complex networks”, Physica A 371 (2006) 795–813 中描述的简单随机二分生成器。

规则很简单： - 创建顶部节点和底部节点 - 为每个节点分配一个度数（顶部和底部节点的分布必须彼此一致 - 在我的情况下，我有经验数据来提供顶部和底部节点） - 从顶部和底部集合中随机连接节点

我目前的代码是：

UndirectedSparseGraph<Node, Edge> random = new UndirectedSparseGraph<Node, Edge>();
// totalLinks is the number of edges in the empirical network
while (totalLinks > 0) {
 Node u = topNodes.get(cntxt.getRNG().nextInt(topNodes.size()));
 Node t = bottomNodes.get(cntxt.getRNG().nextInt(bottomNodes.size()));
 // if both nodes can accept new links, i.e. the actual degree is lower than 
 // the assigned degree
 if(u.getFinalDegree()>random.degree(u) && t.getFinalDegree()>random.degree(t)){
   // create the new link
   random.addEdge(new Edge(0), u, t, EdgeType.UNDIRECTED);
   // decrement total links
   totalLinks--;
 }
}

这种方法很简单，但会产生多条边。结果是最终的度数分布与经验值不同。

有人可以提出解决此问题的方法吗？我正在考虑对链接进行加权，然后将节点的度数设置为其链接权重的总和......或者也许JUNG可以处理多个链接？

最好的问候，西蒙娜

【问题讨论】：

标签： java graph generator jung

【解决方案1】：

JUNG 可以通过正确的实现来处理多个边；查找名称中包含“Multi”的类。

或者您可以查看两个节点是否已经连接，如果是，则选择另一对。

【讨论】：

那行不通 Joshua :) 如果你避免连接已经是邻居的节点，你最终肯定会得到至少一个没有可用底部节点链接的顶部节点。我会看看 Multi* 的东西。谢谢。
除非您的学位要求受到过度限制，否则为什么您总是会以失衡告终？能举个简单的例子吗？
是的，当然，问题不在于图结构，而在于链接节点时使用的序列。看这张图，顶部节点的字母和底部节点的数字：'At-1b Bt-1b Ct-1b Dt-2b Et-1b Et-2b' 现在尝试重新连接它。如果偶然 At 和 Bt 重新连接到 2b，那么 Et 有两个链接要做，但只有 1b 可用，因此要么允许多条边，要么失去一条边。或者您通过允许具有更高程度的节点先行来偏向该过程，但我不确定这如何影响生成器的随机性。
好吧，这有点夸张，明白了。 :) 是的，如果您试图使度数分布完全相同，那么您有时可能必须删除边缘并重试；多重边缘不会解决这个问题。但是，如果您只是想让分布相似，您可以将概率分配给每个节点，作为 (a) 它在目标分布中的度数，或 (b) 当前分配和目标（例如，如果该节点已经有足够的邻居，则放弃它的概率；你可以更聪明/更一般，但你明白了）。