R corrplot：将相关系数与显着性星一起绘制？答案

【问题标题】：R corrplot: Plot correlation coefficients along with significance stars?R corrplot：将相关系数与显着性星一起绘制？
【发布时间】：2020-08-03 10:33:13
【问题描述】：

使用 R corrplot，我还没有找到一个解决方案，将框中的相关系数连同它们的显着性一起绘制，即 0.84*** 这是仅绘制重要性星的代码。相关系数怎么加进去？

M<-cor(mtcars)
res1 <- cor.mtest(mtcars, conf.level = .95)
corrplot(cor(mtcars),
     method="square",
     type="lower",
     p.mat = res1$p,
     insig = "label_sig",
     sig.level = c(.001, .01, .05),
     pch.cex = 0.8,
     pch.col = "red",
     tl.col="black",
     tl.cex=1,
     outline=TRUE)

如果我按照第一个答案的建议添加 addCoef.col = "black", 文本覆盖了重要性星，因此它们不再被真正看到：

【问题讨论】：

标签： r correlation significance

【解决方案1】：

重要星的位置由place_points 函数在corrplot 函数中定义。

问题：

如果两者都显示，相关系数和显着性水平应该显示，它们重叠（我用黄色表示星星，因为我有一些色觉问题......）。

library(corrplot)
#> corrplot 0.90 loaded

M<-cor(mtcars)
res1 <- cor.mtest(mtcars, conf.level = .95)

corrplot(cor(mtcars),
         method="square",
         type="lower",
         p.mat = res1$p,
         insig = "label_sig",
         sig.level = c(.001, .01, .05),
         pch.cex = 0.8,
         pch.col = "yellow",
         tl.col="black",
         tl.cex=1,
         addCoef.col = "black",
         tl.pos="n",
         outline=TRUE)

^{由reprex package (v2.0.1) 于 2021 年 10 月 13 日创建}

快速且临时（每次新加载 corrplot 包时都必须重新执行此步骤）解决方案：

在corrplot 函数中更改place_points 函数。为此，请运行：

trace(corrplot, edit=TRUE)

然后在第 443 行替换

place_points = function(sig.locs, point) {
  text(pos.pNew[, 1][sig.locs], pos.pNew[, 2][sig.locs], 
       labels = point, col = pch.col, cex = pch.cex, 
       lwd = 2)

与：

# adjust text(X,Y ...) according to your needs, here +0.25 is added to the Y-position    
place_points = function(sig.locs, point) {
      text(pos.pNew[, 1][sig.locs], (pos.pNew[, 2][sig.locs])+0.25, 
           labels = point, col = pch.col, cex = pch.cex, 
           lwd = 2)

然后点击“保存”按钮。

结果：

library(corrplot)
#> corrplot 0.90 loaded

#change the corrplot function as described above 
trace(corrplot, edit=TRUE)
#> Tracing function "corrplot" in package "corrplot"
#> [1] "corrplot"

M<-cor(mtcars)
res1 <- cor.mtest(mtcars, conf.level = .95)

corrplot(cor(mtcars),
         method="square",
         type="lower",
         p.mat = res1$p,
         insig = "label_sig",
         sig.level = c(.001, .01, .05),
         pch.cex = 0.8,
         pch.col = "yellow",
         tl.col="black",
         tl.cex=1,
         addCoef.col = "black",
         tl.pos="n",
         outline=TRUE)

^{由reprex package (v2.0.1) 于 2021 年 10 月 13 日创建}

【讨论】：

变量名不再显示...有什么解决办法吗？
@Olympia。只需将tl.pos="n" 替换为tl.pos="ld"。见具体标注here
很高兴听到。现在解决了你的问题了吗？
好的，谢谢！

【解决方案2】：

您只需将选项addCoef.col = "black" 添加到corrplot

【讨论】：

这个问题是现在相关系数的文本覆盖了重要性星......有什么解决方案吗？
我不确定这是否可能，也许您可以混合显着性水平开始于对角线下方和系数上方对角线。有没有看这里：jamesmarquezportfolio.com/correlation_matrices_in_r.html？

【解决方案3】：

为了修复星星的颜色冲突，我采用了这种方法来制作更大的白色星星。我将它与以下颜色和布局一起使用。我无法避免重叠，但它对我来说足够清晰：

cex.before <- par("cex")
par(cex = 0.7)
col <- colorRampPalette(c("#BB4444", "#EE9988", "#FFFFFF", "#77AADD", "#4477AA"))
corrplot::corrplot(cor(mtcars), 
    method="color", 
    col=col(200),  
    type="lower", 
    # Combine with significance
    p.mat = res1$p, 
    insig = "label_sig",
    sig.level = c(.001, .01, .05), 
    pch.cex = 3, # Increase size of stars
    pch.col = "white", # Colour of stars
    # hide correlation coefficient on the principal diagonal
    diag=FALSE,
    addCoef.col = "black", # Add coefficient of correlation
    tl.col="black", tl.srt=45, #Text label color and rotation
    tl.cex = 1/par("cex"), cl.cex = 1/par("cex") #Reduce text size of coefficients               
)
par(cex = cex.before)

【讨论】：