将列表列表（即从 scipy.spatial.KDTree.query_ball_tree）转换为对数组的快速方法？答案

【问题标题】：quick way to convert a list of lists (ie from scipy.spatial.KDTree.query_ball_tree) to an array of pairs?将列表列表（即从 scipy.spatial.KDTree.query_ball_tree）转换为对数组的快速方法？
【发布时间】：2014-02-19 14:53:42
【问题描述】：

我正在努力寻找一种将列表列表转换为对数组的快速方法。该对的第一个值是列表行的索引，第二个值由该列表行的列表中的每个值组成。如果该行是一个空列表，则不存在任何对并且不应创建。

我希望得到类似于通过以下方式获得的结果：

    combarray = numpy.concatenate((t1, t2), axis=0)
    tree   = cKDTree(combarray)
    pairlist  = tree.query_pairs(r = distance )
    pairs  = numpy.array(list(pairlist))
    points = len(t1)
    check = numpy.logical_and(pairs[:,0] < points, pairs[:,1] >= points)
    validpairs = pairs[check]
    validpairs[:,1] -= points

不幸的是，由于两个数组组合的大小，两个点数组的组合导致主 tree.query_pairs 调用的时间大约是使用 t1tree.query_ball_tree(t2tree,r = distance) 的两倍。如果我可以有效地将 KDTree.query 球的结果转换回一对数组，那么它可能是更快的选择。

t1 是 3d 中的一组顶点，t2 是 3d 中不同的一组顶点。距离是建立“近”点的参数，其中一些点将具有相同的顶点值，即我目前使用的值为 0.02。不过这里的要点是转换列表列表，例如

row 0 : []
row 1 : [ 3, 5]
row 2 : [ 1 ]
row 3 : []
row 4 : [ 2 ]

到对数组： [[1,3]， [1,5], [2,1], [4,2]]

大多数行将是空的，通常只有少数（每行中的元素，即可能多达 20 个，但它是未知的）。每组 t1 和 t2 值可以是 3 到大约 3000 个值。

【问题讨论】：

帮助我们帮助您。请您提供一个完整的示例：添加导入语句，为t1 和t2 和ntripoints 添加示例数据。让我们无需任何猜测或修改即可复制、粘贴和运行代码。
嗨，我添加了更多信息并更正了三点位。我并没有真正生成大量的测试数据，所以不擅长这一点。主要是列表列表的转换，所以希望现在可以理解了。
@user1942439 一些最小的数据真的很有帮助。
"这里的要点是将列表列表例如...转换为对数组：(1,3), (1,5) (2,1) "。我很困惑。那2是哪里来的？你能更详细地解释一下“转换”是什么意思吗？
@user1942439 here is an example 如何提出这样的问题。该代码将直接在我的机器上运行。您应该通过随机生成或直接输入数据（例如np.array([1, 2, 3])）以作为 Python 代码的形式提供数据。

标签： python numpy scipy

【解决方案1】：

data = [
[],
[3,5],
[1]
]

pairs = []
for row_idx, row in enumerate(data):
    for item in row:
        pairs.append((row_idx, item))

print pairs

结果：

[(1, 3), (1, 5), (2, 1)]

或者，这个单行将产生相同的输出：

pairs = [(row_idx, item) for row_idx, row in enumerate(data) for item in row]

【讨论】：

谢谢，虽然我将元组转换为数组，但这对我来说是一个很大的进步