更新：请阅读底部的最终更新！下面的原始答案+更新可能没有用！
我们刚刚遇到了完全相同的问题。有时我想知道 Apple 是否真的用任何类似于现实用例的东西来测试他们编写的类，因为 UISplitViewController 并不是他们最好的时刻。
问题在于，当您在拆分视图中替换主视图控制器时，UISplitViewController 内的代码不会更新其弹出框控制器的 contentViewController 属性。结果是弹出框控制器仍然有一个过期视图控制器的句柄，导致在纵向模式下出现旧的 UI，甚至内存错误。
这是我们的解决方法。
我假设您有一个符合 UISplitViewControllerDelegate 的类，它将 popoverController 存储为类属性（请参阅 UISplitViewController 的标准示例代码）。
在设置新的主视图控制器时，还需要更新contentViewController，如下：
mySplitViewController.viewControllers
= [NSArray arrayWithObjects:newMasterController, detailController, nil];
// in the cases where the uisplitview has already shown a popovercontroller,
// we force the popovercontroller to update its content view controller.
// This ensures any old content view in popover actually gets released by
// the popovercontroller.
if (popoverController) {
[popoverController setContentViewController:theMasterViewController
animated:NO];
}
当您的 UISplitViewControllerDelegate 被告知弹出框控制器将呈现视图控制器时，您还必须设置弹出框的 contentViewController：
- (void)splitViewController:(UISplitViewController*)svc
popoverController:(UIPopoverController*)pc
willPresentViewController:(UIViewController *)aViewController
{
// set the popoverController property - as per Apple's sample code
self.popoverController = pc;
// THE LINE BELOW IS THE NEW LINE!
[popoverController setContentViewController:aViewController animated:NO];
是的，我知道上面的代码看起来很疯狂，你想知道为什么苹果不能自己设置内容视图控制器。但他们显然没有，这就是解决方法。
更新
上面的方案，设置了内容视图，结果证明是行不通的。例如，如果您将内容视图设置为 uinavigationcontroller，稍后您将通过导航控制器内部的根视图，而不是导航控制器本身。据我所知，UISplitViewController 只是不处理以任何可行的方式更改主视图。
我目前的解决方法是安装 UINavigationController 作为主视图，并更改该导航控制器的根视图控制器。所以我可以在某种程度上“通过后门”改变主视图。
更新 2
我放弃了。上面第一次更新中的方法也有缺陷；我在轮换时仍然遇到问题。基本上，如果您使用 UISplitViewController，您似乎不应该尝试对主视图控制器进行任何更改（即使您在主视图（例如作为弹出框）再次隐藏时切换主视图）。在主视图中摆弄 UINavigationController 的内容（在主视图显示时）看起来没问题，但除此之外的任何事情都会导致问题接踵而至。
技术说明：我认为问题源于 Apple 处理 UI 的明显弱点：即，一旦隐藏或从视图中移除，Apple 代码将在 UIViews 和控制器上调用 release，但稍后，如果显示包含的 viewcontroller再次，将 viewDidDisappear 等延迟消息发送到已释放的视图/控制器（此时可能已被释放）。