R：清理临时目录后无法运行某些功能答案

【问题标题】：R: Cannot run certain function after cleaning temporary directoryR：清理临时目录后无法运行某些功能
【发布时间】：2020-05-17 12:43:58
【问题描述】：

我得到错误：

Error in file(fn, "rb") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(fn, "rb") :
  cannot open file 'C:\Users\***\AppData\Local\Temp\Rtmpwh6Zih\raster\r_tmp_2020-05-
13_170601_12152_33882.gri': No such file or directory

当我在 RStudio (1.2.5042) 中运行以下代码时：

raster.binair <- vector(mode = "list", length = length(aggregated.rasters)) 
for (i in 1:NROW(aggregated.rasters)) { 
+     clamped <- clamp(aggregated.rasters[[i]], upper=12, useValues=FALSE)
+     raster.binair[[i]] <- clamped
+   }

“aggregated.rasters”是 96 个栅格的列表，当我单独运行它时，我得到了正确的列表。我最近清理了我的临时目录（由 tempdir() 访问）并删除了其中的文件。我想这部分：

cannot open file 'C:\Users\***\AppData\Local\Temp\Rtmpwh6Zih\raster\r_tmp_2020-05-
13_170601_12152_33882.gri': No such file or directory

指的是这个。我不知道我在这里做错了什么。我可以取回这些文件或解决此错误吗？

【问题讨论】：

标签： r temporary-directory

【解决方案1】：

临时文件夹中的文件会在 R 会话结束时被删除。所以你永远不应该指望他们。您可以再次运行代码，但如果您想永久保留结果，则需要将它们写在别处。这里有两个选择

写很多文件

raster.binair <- vector(mode = "list", length = length(aggregated.rasters)) 
for (i in 1:NROW(aggregated.rasters)) { 
    f <- paste0("raster_", i)
    clamped <- clamp(aggregated.rasters[[i]], upper=12, useValues=FALSE, filename=f)
    raster.binair[[i]] <- clamped
}

写一个文件

raster.binair <- vector(mode = "list", length = length(aggregated.rasters)) 
for (i in 1:NROW(aggregated.rasters)) { 
    raster.binair[[i]]  <- clamp(aggregated.rasters[[i]], upper=12, useValues=FALSE)
} 
s <- stack(raster.binair)
s <- writeRaster(s, filename="mydata.tif")

【讨论】：

亲爱的罗伯特，非常感谢您的帮助。我尝试了您的建议，但这并不能解决我的错误。在目录中找不到的文件不是我想要作为输出的文件，也不是中间的“clamped”文件，所以我不知道为什么需要调用这个文件。当我结束我的 R 会话并在新的会话中运行我的完整代码时，我仍然收到相同的错误。
这很难帮上忙，因为我无法重现。你能做一个可重复的小例子吗？也许您可以显示错误发生的确切位置和时间（在 i = 1 时？）； aggregated.raster 是如何创建的？你需要重新创建那些吗？
亲爱的罗伯特，原来是我的 R 版本存在一些内部问题。由于我开始在 R 中运行的所有函数都出现错误，我再次删除并升级了 R，现在它似乎工作。非常感谢您与我一起解决问题！