如何将物种 x 站点数据框转换为矩阵？ [复制]答案

【问题标题】：How would I convert a species x site dataframe into a matrix? [duplicate]如何将物种 x 站点数据框转换为矩阵？ [复制]
【发布时间】：2017-10-25 00:29:18
【问题描述】：

我有一个数据框（以 excel 文件的形式），其中包含采样站点的行和每个物种 (sp) 的列。一个非常标准的社区生态物种，按站点矩阵排列，但采用数据框格式。

示例数据（请注意，我为站点名称添加了一列，因为它在我的 excel 文件中是这样的）：

sites<-c("SiteA", "SiteB", "SiteC")
sp1<-c(0, 5, 2)
sp2<-c(0, 1, 2)
sp3<-c(1, 1, 4)
comm<-data.frame(sites,sp1,sp2,sp3)

在我的情况下，我只有这些数据框之一或一个“情节”。我需要将此数据框转换为格式如下的矩阵：

    sp   site     plot  Abundance
1   sp1     A    1        0
2   sp2     A    1        0
3   sp3     A    1        1
4   sp1     B    1        5
5   sp2     B    1        5
6   sp3     B    1        1
7   sp1     C    1        2
8   sp2     C    1        2
9   sp3     C    1        4

我已经研究过使用上一篇文章中描述的技术 (Collapse species matrix to site by species matrix) 但最终结果与我需要我的矩阵最终看起来像我上面显示的那样的地雷不同。

任何帮助将不胜感激。

【问题讨论】：

第 5 行的 Abundance 似乎是 1，而不是 5。
是的，我只是使用列表来传达我需要的矩阵格式。

标签： r dataframe matrix data-conversion

【解决方案1】：

使用重塑包：

library(reshape2)
comm.l <- melt(comm)
comm.l$plot <- 1

【讨论】：

非常感谢，我可以重命名这些标题吗？

【解决方案2】：

使用dplyr 和tidyr 的解决方案。

library(dplyr)
library(tidyr)

comm2 <- comm %>%
  gather(sp, Abundance, starts_with("sp")) %>%
  mutate(site = sub("Site", "", sites), plot = 1) %>%
  select(sp, site, plot, Abundance) %>%
  arrange(site)
comm2
   sp site plot Abundance
1 sp1    A    1         0
2 sp2    A    1         0
3 sp3    A    1         1
4 sp1    B    1         5
5 sp2    B    1         1
6 sp3    B    1         1
7 sp1    C    1         2
8 sp2    C    1         2
9 sp3    C    1         4

【讨论】：