【问题标题】:How do I add libraries to pymol?如何将库添加到 pymol?
【发布时间】:2019-07-05 09:39:50
【问题描述】:

我已经下载了 pymol 并在我的 mac 上使用。我从应用程序文件夹中打开它。我可以在其中成功运行 python 脚本。但是,我无法在该脚本中导入任何库。我目前知道将可导入库添加到 python 环境的方式是通过 anaconda navigator。有没有办法让 anaconda 将 pymol 应用程序视为可以添加库的环境?

有没有更简单的方法来添加库?我曾尝试使用 pip install,但我不太了解它,我一直无法找到将 pip install 安装到我的 pymol 环境中的方法。

对不起,如果这个问题有一个非常简单的答案,我是编程新手。

【问题讨论】:

  • 也许可以先尝试做一个虚拟环境,你可以在其中单独安装所有的库
  • 论坛似乎表明 Python 的一个版本被打包在 PyMOL 中。是否有一个 syspython 版本的 PyMOL?它表示将使用系统 Python 版本,因此使用系统 Python 包。
  • 我设法将 pymol 作为库添加到 anaconda,但我无法从那里作为程序启动它。如果我能弄清楚如何做到这一点,它也将解决问题。
  • 在 PyMol 中,您可以尝试 import sys,然后尝试 print(sys.executable),这应该会为您提供它正在使用的 Python 可执行文件。在这个文件夹内应该有一个文件夹scripts,你应该在那里找到pip,用于为你的 PyMol 实例安装程序。

标签: python anaconda pymol


【解决方案1】:
  • PyMol 安装程序会安装自己的 Python3。
  • 要在系统 anaconda 中安装 PyMOL,请使用 conda install -c schrodinger pymol
  • 在安装 python3-dev libglm-dev freeglut3-dev libglew-dev libpng12-dev libfreetype6-dev build-essential libxml++3.6-dev 之后,在没有 Anaconda 的情况下安装 you have to compile it,这是出了名的难。
  • 从您的系统/conda python(比如在 Mac 上 ln -s /Applications/PyMOL.app/Contents/lib/python3.7/site-packages/pymol /Users/myname/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pymol)为 pymol 和 egg 文件和薛定谔制造的依赖项创建符号链接 apbs freemol glew mengine @ 987654331@ mtz2ccp4_px pdb2pqr pmw 和 pip 非薛定谔 libopenblas 或类似的黑客似乎对任何人都不起作用——许多人都尝试过。

因此,如果您想在 PyMOL 中使用脚本并安装库,只需在 PyMOL 中调用 python,例如在 Mac 上使用 /Applications/PyMOL.app/Contents/bin/python3.7。在 Linux 上,您可能使用 conda install -c schrodinger pymol 安装,但最终不会使用 1.8,因此这不适用。在 Windows 上,您必须找到它的安装位置(PyMOL 中的import sysprint sys.executable)。

所以如果你想在你的 Python 代码中使用 PyMOL conda install -c schrodinger pymol 或者如果 pip 编译它。是的,这很浪费,您必须重新添加许可证。
关于这个模式,记得在不显示pymol_argv = ['pymol', '-qc']__main__.pymol_argv = ['pymol', '-qc']的情况下运行。

【讨论】:

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