12个物种的多序列比对答案

【问题标题】：Multiple sequence alignment of 12 species12个物种的多序列比对
【发布时间】：2014-08-12 06:21:35
【问题描述】：

我需要对12个小麦品种的核苷酸序列进行MSA（多序列比对。所有这些品种都有不同长度的bps（碱基对）。我遵循了MATLABhttp://www.mathworks.in/help/bioinfo/ref/multialign.html的这个文档。但是当我输入这个“

ma = multialign(p53,tree,'ScoringMatrix',...
                {'pam150','pam200','pam250'})
showalignment(ma)"

我得到一个错误：

??? Out of memory. Type HELP MEMORY for
your options.

Error in ==> profalign>affinegap at 648
F =  zeros(n+1,m+1,numStates);

Error in ==> profalign at 426
    [F, pointer] =
    affinegap(prof1,len1,prof2,len2,SM,go1,go2,ge1,ge2,wg1,wg2);

Error in ==> multialign at 655
    [profs{rootInd} h1 h2] =
    profalign(profs{[i,rootInd]},...

请帮忙

【问题讨论】：

无法复制。内存不足只是意味着内存不足。如果您只是按照文档示例进行操作，通常情况下它不应该发生。您的工作区中是否还有很多其他变量？
内存不足。 zeros(n+1,m+1,numStates) 这个矩阵太大，您的 PC 无法存储在内存中。
那么我应该怎么做才能让我的机器保持距离矩阵。那么如何对12个小麦品种进行比对

标签： matlab sequence-alignment

【解决方案1】：

这是一个很难调试的问题，因为它高度依赖于您的特定设置。正如 cmets 中提到的，Matlab 说它内存不足。这可能是因为您配置了 Matlab 的方式，或者因为您的计算机没有足够的 RAM（或者您当时可能为其他事情使用了太多的 RAM）。也有可能你只是给了它比它可以处理的更多的数据。但是，假设序列不是不合理的长，12 个序列对于渐进式比对算法应该是可以管理的，multalign 似乎是这样。

鉴于所有这些变量，最简单的解决方案就是避免尝试在您的计算机上运行它。在某些网站上，您可以提交数据以在肯定有足够 RAM 的服务器上对齐。此类网站中最受欢迎的是ClustalOmega，它是 ClustalW 的继任者。这些网站通常会很快返回结果。

【讨论】：