【发布时间】:2015-06-22 18:26:20
【问题描述】:
我有一个包含病毒名称和数据信息的 .csv 文件:
我需要编写一个脚本,根据病毒名称的出现来收集信息。
为方便起见,该图像显示了已使用“grapevine”一词过滤的文件。
对于每个带有关键字“grapevine”的病毒:
我需要收集具体信息。 1.在文件中找到的次数 2. 特定葡萄病毒的长度范围 3. 特定葡萄病毒的reads总和
如何在不指定每种类型的情况下解析病毒名称“grapevine”?
【问题讨论】:
我有一个包含病毒名称和数据信息的 .csv 文件:
我需要编写一个脚本,根据病毒名称的出现来收集信息。
为方便起见,该图像显示了已使用“grapevine”一词过滤的文件。
对于每个带有关键字“grapevine”的病毒:
我需要收集具体信息。 1.在文件中找到的次数 2. 特定葡萄病毒的长度范围 3. 特定葡萄病毒的reads总和
如何在不指定每种类型的情况下解析病毒名称“grapevine”?
【问题讨论】:
如果您只想计算病毒名称的出现次数,例如“grapevine”,请遍历 csv 文件的所有行并计算包含病毒名称的行。如果没有关于 csv 文件布局的更多信息,这是我们能做的最好的——最有可能的——做:
csv = ... # Store the csv reader instance
needle = "FOOO"
result = len([line for line in csv if needle in line])
【讨论】: