在R中的矩阵中搜索对答案

【问题标题】：Searching pairs in matrix in R在R中的矩阵中搜索对
【发布时间】：2017-04-15 17:55:19
【问题描述】：

我对 R 比较陌生，所以如果有人可以帮助我，我将不胜感激 :)

我有一个大矩阵，例如： matrix 和基因载体。我的任务是逐行搜索矩阵并编译具有突变的基因对（矩阵上为 D707H）以及向量中包含的其余基因，并将其添加到新矩阵中。我尝试使用循环来执行此操作，但我不知道如何正确编写它。对于这个矩阵，它应该看起来像这样：

    PR.02.1431    
    NBN BRCA1
    NBN BRCA2
    NBN CHEK2
    NBN ELAC2
    NBN MSR1
    NBN PARP1
    NBN RNASEL

现在我有这样的东西： my idea

“a”是我的初始矩阵。

谁能指出我正确的方向？ :)

【问题讨论】：

请做一个可重现的例子。请参阅：stackoverflow.com/questions/5963269/… 图片不是解释您需要什么的最佳方式。还包括所需的结果。
使用dplyr包的gather()函数，多过滤一些。
我相信你的意思是tidyr 包。
请不要将代码或数据作为图像发布。使用dput(x)、复制、粘贴和缩进（stackoverflow 问题编辑器中的ctrl-k）相当简单。我不打算将图像中的数据或代码转录到控制台中进行测试。

标签： r

【解决方案1】：

也许你想要/需要的是which(..., arr.ind = TRUE)。

一些示例数据，用于演示：

set.seed(2)
n <- 10
mtx <- array(NA, dim = c(n, n))
dimnames(mtx) <- list(letters[1:n], LETTERS[1:n])
mtx[sample(n*n, size = 4)] <- paste0("x", 1:4)
mtx
#   A  B    C  D  E  F    G    H  I  J 
# a NA NA   NA NA NA NA   NA   NA NA NA
# b NA NA   NA NA NA NA   NA   NA NA NA
# c NA NA   NA NA NA NA   NA   NA NA NA
# d NA NA   NA NA NA NA   NA   NA NA NA
# e NA NA   NA NA NA NA   NA   NA NA NA
# f NA NA   NA NA NA NA   NA   NA NA NA
# g NA "x4" NA NA NA "x3" NA   NA NA NA
# h NA NA   NA NA NA NA   NA   NA NA NA
# i NA "x1" NA NA NA NA   NA   NA NA NA
# j NA NA   NA NA NA NA   "x2" NA NA NA

在您的情况下，您似乎想要任何不是NA 或NaN 的东西。你可以试试：

which(! is.na(mtx) & ! is.nan(mtx))
# [1] 17 19 57 70

但在检索行/列对（我认为是基因？）时，这并不总是直观的。试试吧：

ind <- which(! is.na(mtx) & ! is.nan(mtx), arr.ind = TRUE)
ind
#   row col
# g   7   2
# i   9   2
# g   7   6
# j  10   7

如何使用：整数分别是行和列索引。假设您的矩阵使用行名和列名，您可以通过以下方式检索行名：

rownames(mtx)[ ind[,"row"] ]
# [1] "g" "i" "g" "j"

（精明的读者可能会建议我改用rownames(ind)。它确实有效！）colnames 和"col" 也是如此。

有趣的是，即使ind 本身就是一个矩阵，您也可以很容易地对mtx 进行子集化：

mtx[ind]
# [1] "x4" "x1" "x3" "x2"

将这三个结合在一起，您也许可以使用：

data.frame(
  gene1 = rownames(mtx)[ ind[,"row"] ],
  gene2 = colnames(mtx)[ ind[,"col"] ],
  val = mtx[ind]
)
#   gene1 gene2 val
# 1     g     B  x4
# 2     i     B  x1
# 3     g     F  x3
# 4     j     G  x2

【讨论】：

我试过这个方法但是没有效果...我有一个错误：default method not implemented for type 'list'你知道怎么处理它吗？
显然你的矩阵不是矩阵。如果没有看到比屏幕截图更多的数据，我就忍不住了。
使用which函数后出现。

【解决方案2】：

我知道我的错误在哪里，现在我有了矩阵。分析您的代码效果很好，但这并不是我想要做的。 a、b、c、d 等是生物体，行名是基因（A、B、C、D 等）。我必须合并一对基因，其中一个（在同一列中）具有除 NA 值之外的其他内容。例如，如果基因 A 在列 a 中有值=4，我必须有：

   gene1 gene2
a    A     B
a    A     C
a    A     D
a    A     E

我尝试过这种方式，但元素数量不匹配，我不知道如何解决这个问题。

ind= which(! is.na(a) & ! is.nan(a), arr.ind = TRUE)
ind1=which(macierz==1,arr.ind = TRUE)
ramka= data.frame(
  kolumna = rownames(a)[ ind[,"row"] ],
  gene1 = colnames(a)[ ind[,"col"] ],
  gene2 = colnames(a)[ind1[,"col"]],
  #val = macierz[ind]
)

你知道如何在 R 中做到这一点吗？

【讨论】：

这真的不是答案，它似乎是对您问题的澄清（或补充）。如果是这样，请将其放在那里（并删除此答案）。如果我读错了，并且通过此代码解决了问题，那么您可以自己“接受”它作为自我回答。