在字典python中找到键时更新值答案

【问题标题】：update value when key is found in dictionary python在字典python中找到键时更新值
【发布时间】：2016-04-28 03:30:17
【问题描述】：

tiny_reads = [
Sequence('CGTGCAA'),
Sequence('TGCAATG'),
Sequence('ATGGCGT'),
Sequence('GGCGTGC'),
Sequence('CAATGGC'),]



dictionary = {} 

def kmers(reads, k):
for line in tiny_reads:
    for kmer in line.iter_kmers(k, overlap=3):
        dictionary[str(kmer)] = 1
        print(dictionary)
        if str(kmer) not in dictionary: 
            dictionary[str(kmer)] = 1
        else:
            dictionary[str(kmer)] += 1


 #print(dict)
 kmers(tiny_reads, 3)
 print(dictionary)

我的代码遍历上面的序列并使用 iter_kmer() 将序列分解为大小为 3 的小片段（'CGT'）。我想创建一个字典，其中包含所有这些小读数以及它们在序列中的数量。我得到的结果是关闭的，我不知道为什么。

预期结果：

kmers(tiny_reads, 3) {'AAT': 2,'ATG': 3, ...'TGG': 2}

我的结果： {'CAA'：2，'GTG'：2，'GCA'：2，'GCG'：2，'ATG'：2，'TGC'：2，'CGT'：2，'AAT'：2，' GGC'：2，'TGG'：2}

我的结果不正确，因为“ATG”重复了 3 次。你们能帮帮我吗？这让我很沮丧。

【问题讨论】：

标签： python dictionary sequence biopython

【解决方案1】：

您正在使用迭代的每一行重置字典中的计数器：

使用您已有的代码，我会使用默认字典。

from collections import defaultdict

def kmers(reads, k):
    dictionary = defaultdict(int)
    for line in tiny_reads:
        for kmer in line.iter_kmers(k, overlap=3):
            dictionary[str(kmer)] += 1

如果我正在编写代码，我可能会将所有行连接在一起，然后使用 Counter。

def kmers(reads, k):
    accumlator = []
    for line in tiny_reads:
        accumlator += line.iter_kmers(k, overlap=3):
    dictionary = Counter(accumlator)

【讨论】：

【解决方案2】：

不确定 iter_kmers 的具体工作原理，但也许您正在寻找类似以下的内容？

tiny_reads = [
    Sequence('CGTGCAA'),
    Sequence('TGCAATG'),
    Sequence('ATGGCGT'),
    Sequence('GGCGTGC'),
    Sequence('CAATGGC')
]

kmer_d = dict()

def kmers(reads, k):
    for tiny_r in tiny_reads:
        for kmer in tiny_r.iter_kmers(k, overlap=3):
            d = kmer_d.get(str(kmer), 0)
            kmer_d[str(kmer)] = d + 1


if __name__ == "__main__":
     kmers(tiny_reads, 3)
     print(kmer_d)

请记住，这可能不是最快的实现，但它只是通过最小的更改来修复错误。从字典中读取值时，使用 .get() 方法可以设置默认值，以防找不到条目

【讨论】：