单向方差分析：事后比较“向图形添加字母”答案

【问题标题】：One way ANOVA: post-hoc comparison "adding letters to graph"单向方差分析：事后比较“向图形添加字母”
【发布时间】：2014-12-13 18:47:13
【问题描述】：

我正在为我的一门课程做一个项目，但在使用 tukeyHSD 事后测试后无法弄清楚如何获得用于治疗比较的字母。

有没有简单的方法来做到这一点？

这是我的代码：

博尔德研究

rm(list=ls())
getwd()
setwd('/Volumes/9163980664/GIS/Boulder_Field/CSV_files')
list.files()
bodega <- read.table('biotic_stats.csv', sep=',', h=T)
head(bodega[,1:5])
length(bodega$Face[bodega$Face=='E'])
length(bodega$Face[bodega$Face=='N'])
length(bodega$Face[bodega$Face=='S'])
length(bodega$Face[bodega$Face=='W'])

单向方差分析

boulder_face <- bodega$Face
proportion_rockweed <- bodega$Pelvetiopsis_prop_cover_

条形图

setwd('/Volumes/9163980664/GIS/Boulder_Field/R_code_graphs_stats')
ylab = 'Rockweed Proportion'
xlab = 'Face of Boulder'
graphics.off(); quartz(width=4, height=4); par(mai=c(1.2,1.2,.3,.5), cex=1.4)
plot(proportion_rockweed ~ boulder_face, data=bodega, col="grey", ylab=ylab, xlab=xlab)
dev.print(png, file = "Bodega_Rockweed_boxplot.png", wid = 480, height = 480)

方差分析

bodega.anova <- aov(proportion_rockweed ~ boulder_face, data = bodega)
summary(bodega.anova)
TukeyHSD(bodega.anova)
help(aov)

这是我尝试过的

TukeyHSD(bodega.anova)
quartz(width=4, height=4); par(mai=c(1.2,1.2,1,1), cex=1)
plot(TukeyHSD(bodega.aov))
bodega.anova <- aov(proportion_rockweed ~ boulder_face, data = bodega)

library(multcompView)
multcompLetters(extract_p(TukeyHSD(bodega.anova)))

【问题讨论】：

标签： r anova

【解决方案1】：

我刚看到这个。您可以使用 lsmeans 包并轻松获取它们

library(lsmeans)
cld(bodega.anova, "boulder_face")

这需要安装 multcompView 包。 Tukey 方法是默认方法，但您可以使用 adjust 参数指定其他调整。

【讨论】：