Linux Bash：使用 awk(substr) 从文件输入中获取参数

Question

我有一个这样的 .txt 文件：

'SMb_TSS0303'   '171765'    '171864'    '-' 'NC_003078' 'SMb20154'  
'SMb_TSS0302'   '171758'    '171857'    '-' 'NC_003078' 'SMb20154'

我想提取以下作为参数：

-'SMb'

-'171765'

-'171864'

-'-'（减号）

-> 不需要引号

我正在尝试在 shell 脚本中执行此操作：

#!/bin/sh
file=$1

cat "$1"|while read line; do
  echo "$line"
  parent=$(awk {'print substr($line,$0,5)'})
  echo "$parent"
done

echos 'SMb

据我所知，awk substr 的工作原理是这样的：

substr(s, a, b)=>returns b number of chars from string s, starting at position a

首先，我不明白，为什么我可以提取 0-5 的 'Smb，其次，我无法提取我需要的任何其他参数，因为移动 start 不起作用。 例如。 $1,6 给出空回声。我希望 Mb_TSS

期望的最终输出：

#!/bin/sh

file=$1

cat "$1"|while read line; do
  parent=$(awk {'print substr($line,$0,5)'})
  start=$(awk{'print subtrs($line,?,?')})
  end=$(awk{'print subtrs($line,?,?')})
  strand=$(awk{'print subtrs($line,?,?')})
done

echo "$parent"    -> echos SMb
echo "$start"     -> echos 171765
echo "$end"       -> echos 171864
echo "$strand"    -> echos -

我有一个假设，行中的项目被视为单个字符串或其他什么？也许我也错误地处理了文件解析，但我尝试的一切都不起作用。

Answer 1

真的不清楚你想要做什么。但我至少可以帮助你使用awk 语法：

while read -r line
do 
    parent=$(echo $line | awk '{print substr($1,2,3)}')
    start=$(echo $line | awk '{print substr($2,2,6)}')
    echo $parent
    echo $start
done < file

这个输出：

SMb
171765
SMb
171758

您应该能够弄清楚如何获取其余字段。

这是一种非常低效的方法，但根据问题中的信息，我目前无法提供更好的答案。

Answer 2

这个问题最初被标记为python，所以让我提出一个python解决方案：

with open("input.txt") as f:
    for l in txt:
        data = [x.strip("'").partition("_")[0] for x in l.split()[:4]]
        print("\n".join(data))

它打开文件，像awk 那样拆分行，只考虑前 4 个字段，去掉引号，创建列表。然后用换行符分隔显示。

打印出来的：

SMb
171765
171864
-
SMb
171758
171857
-