在 Linux EC2 上安装钠包时出错 - 无法加载共享对象答案

【问题标题】：error installing sodium package on linux EC2 - unable to load shared object在 Linux EC2 上安装钠包时出错 - 无法加载共享对象
【发布时间】：2019-10-30 11:45:55
【问题描述】：

我正在尝试在 AWS Linux (fedora) EC2 实例上安装 sodium R 包。 libsodium 库已安装并位于此处：

[ec2-user@ip-xxx]$ sudo find / -iname libsodium.*
/usr/local/lib/libsodium.a
/usr/local/lib/libsodium.la
/usr/local/lib/libsodium.so.23.3.0
/usr/local/lib/libsodium.so
/usr/local/lib/pkgconfig/libsodium.pc
...

在 R 中，我运行了以下引发错误的命令。据我从消息中可以看出，没有找到libsodium。

> Sys.setenv(PKG_CONFIG_PATH= "/usr/local/lib/pkgconfig")
> install.packages("sodium")
Installing package into ‘/usr/lib64/R/library’
...

** package ‘sodium’ successfully unpacked and MD5 sums checked
Found pkg-config cflags and libs!
Using PKG_CFLAGS=-I/usr/local/include
Using PKG_LIBS=-L/usr/local/lib -lsodium
** libs
...

** testing if installed package can be loaded
Error: package or namespace load failed for ‘sodium’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/usr/lib64/R/library/sodium/libs/sodium.so':
  libsodium.so.23: cannot open shared object file: No such file or directory
...

我不熟悉linux，不知道现在该做什么。例如，我是否需要设置任何其他环境变量等？有任何想法吗？ :)

【问题讨论】：

标签： r libsodium

【解决方案1】：

您的 libsodium 版本似乎错误，或者安装在错误的位置。

如果它是使用yum 安装的，您可以通过运行yum info libsodium-devel 来检查安装的版本

根据包要求https://cran.r-project.org/web/packages/sodium/index.html

系统要求：libsodium (>= 1.0.3)

我认为 AWS 在其 repos 上的最新版本 libsodium-devel 是 Version : 0.4.5

要解决此问题，您需要 yum install libsodium-devel 来自另一个具有更高版本的存储库，例如 lux 存储库：https://pkgs.org/download/libsodium-devel

首先将 lux repo 添加到 yum：

sudo rpm -Uvh http://repo.iotti.biz/CentOS/6/noarch/lux-release-6-3.noarch.rpm
sudo rpm --import /etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-LUX

然后，出于某种原因，我不得不编辑 .repo 文件以指向正确的位置。编辑此文件/etc/yum.repos.d/lux.repo 以包含以下内容：

[lux]
name=CentOS $releasever - $basearch - Lux
baseurl=http://repo.iotti.biz/CentOS/6
enabled=1
gpgcheck=1
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-LUX

一旦你完成了，你应该对yum install这个包很好：

sudo yum install libsodium-devel

那么 R install.packages("sodium") 应该会成功完成。

【讨论】：