从 java 运行本机 MPI 代码

Question

我正在尝试从 java 运行一个简单的本机 mpi 代码，稍后我的项目需要它。我正在使用 Ubuntu。 我有：

HelloJNI.java

public class HelloJNI {
 static {
   System.loadLibrary("hello");
 }

 private native void sayHello();

 public static void main(String[] args) {
   new HelloJNI().sayHello();  // invoke the native method
 }
}

头文件：

 JNIEXPORT void JNICALL Java_HelloJNI_sayHello (JNIEnv *, jobject);

C 源文件：

JNIEXPORT void JNICALL Java_HelloJNI_sayHello(JNIEnv *env, jobject     thisObj) {
printf("Hello World- MPI from C!\n");
MPI_Init(NULL, NULL);
int world_size;
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &world_size);
int world_rank;
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &world_rank);
char processor_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];
int name_len;
MPI_Get_processor_name(processor_name, &name_len);
printf("Hello world from processor %s, rank %d"
      " out of %d processors\n",
      processor_name, world_rank, world_size);
MPI_Finalize();
}

我已按照本教程进行操作： https://www3.ntu.edu.sg/home/ehchua/programming/java/JavaNativeInterface.html

我可以通过 make 文件创建共享库：

INCLUDE1 = /usr/lib/java/jdk1.8.0_45/include
INCLUDE2 = /usr/lib/java/jdk1.8.0_45/include/linux
MPI_INCLUDE = /home/openmpi-1.8.5/ompi/include
JAVAHPATH = /usr/lib/java/jdk1.8.0_45/bin
MPICC = /home/openmpi-1.8.5/bin/mpicc
# Define a variable for classpath
CLASS_PATH = ../bin

# Define a virtual path for .class in the bin directory
vpath %.class $(CLASS_PATH)

all : libhello.so

# $@ matches the target, $< matches the first dependancy
libhello.so : HelloJNI.o
${MPICC} $< -L/home/openmpi-1.8.5/lib -lmpi -shared -fpic -o $@ -Wl,-   rpath=/home/openmpi-1.8.5/lib 

# $@ matches the target, $< matches the first dependancy
HelloJNI.o : HelloJNI.c HelloJNI.h
${MPICC} -fpic -I$(INCLUDE1) -I$(INCLUDE2) -I$(MPI_INCLUDE) -c $< -o $@

# $* matches the target filename without the extension
HelloJNI.h : HelloJNI.class     
    $(JAVAHPATH)/javah -classpath $(CLASS_PATH) $*


clean :
      rm HelloJNI.h HelloJNI.o libhello.so

问题是当我尝试运行它时，我遇到了这些 MPI 错误：

"mca: base: component_find: unable to open /home/openmpi-1.8.5/lib/openmpi/mca_shmem_sysv: /home/openmpi-1.8.5/lib/openmpi/mca_shmem_sysv.so: undefined symbol: opal_show_help (ignored)
mca: base: component_find: unable to open /home/openmpi-1.8.5/lib/openmpi/mca_shmem_mmap: /home/openmpi-1.8.5/lib/openmpi/mca_shmem_mmap.so: undefined symbol: opal_show_help (ignored)
mca: base: component_find: unable to open /home/openmpi-1.8.5/lib/openmpi/mca_shmem_posix: /home/openmpi-1.8.5/lib/openmpi/mca_shmem_posix.so: undefined symbol: opal_shmem_base_framework (ignored)
It looks like opal_init failed .....orte_init failed ..... mpi_init  failed"

到目前为止，我已经从命令行和使用 eclipse 尝试了各种方法，它们是： 使用 Eclipse：

• 在运行配置的 VM Argument 中通过 -Djava.library.path 添加了共享库路径
  • 也可以通过 LD_LIBRARY_PATH 与 Environment 和 bashrc 一样
  • 在 makefile 中我尝试使用 mpicc 编译共享库
  • 我也已将 mpi.jar 添加到项目中

使用命令行：

• javac -cp /home/s3050004/Downloads/openmpi-1.8.5/lib/mpi.jar HelloJNI.java
• java -Djava.library.path=/home/workspace/HelloJNI/jni:/home/openmpi-1.8.5/lib -cp /home/openmpi-1.8.5/lib/mpi.jar:/home/工作区/HelloJNI/src HelloJNI

在命令行中，我尝试执行与 eclipse 中相同的操作，即指定共享库的路径，mpi lib 也指定 mpi.jar 并尝试运行 HelloJNI，但我得到了相同的错误。我不确定为什么会收到这些错误，我想了解为什么会收到这些错误。我将非常感谢对此提出的任何建议或想法。

Answer 1

已修复，OpenMPI 有问题，我已重新安装并重新配置它并且它工作正常：

--enable-shared --enable-static 

Answer 2

看起来 java 未能加载 libhello.so 的所有依赖项

请检查 ldd 是否可以加载依赖项：

ldd libhello.so

如果没有，

1. 为 openmpi 库创建符号链接

   ldconfig -n 带有 openmpi .so 文件的文件夹

2. 将该路径添加到 LD_LIBRARY_PATH

3. 再试一次ldd libhello.so

一旦它开始被 ldd 加载，它就会从 java 中工作。