gdata 包中的 read.xls() 失败，“输入中没有可用的行”答案

【问题标题】：read.xls() from gdata package fails with "no lines available in input"gdata 包中的 read.xls() 失败，“输入中没有可用的行”
【发布时间】：2012-05-12 01:47:00
【问题描述】：

我正在使用 gdata 包中的 read.xls() 来阅读 Excel 工作簿，其中每个工作簿都有一张工作表。读取失败并出现以下错误。

> read.xls(list.files[[1]])
Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  : 
  no lines available in input

我无法找出错误。 sheetCount() 返回以下错误。

> sheetCount(list.files[[1]])
Error in scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings,  : 
  line 161 did not have 13 elements

但这很奇怪，因为工作簿有 27 列。对于第 161 +/- 1 行或第 13 +/- 1 列，似乎没有什么不寻常的地方。

在整个工作簿中，重复的条目都是空白的，您需要手动将它们向下扩展（这对于我想阅读的 750 多个工作簿来说是不切实际的）。

我尝试手动设置quote='' 和quote='\''，但这些不会改变输出。我的问题是read.xls() 将某些行视为衣衫褴褛，但其他行却没有？任何指针？（我尝试了xlsReadWrite 包，但我使用的是 64 位 Win 7，它只适用于 32 位系统）。

谢谢！

更新

我关注了@G。 Grothendieck 的建议并获得以下信息。

> k <- count.fields(xls2csv(list.xls[[1]]), sep = ","); k
NULL
> L <- readLines(xls2csv(list.xls[[1]])); L
character(0)

xls2csv() 生成的临时文件是空的，所以现在我无法弄清楚为什么我的countSheets() 调用会返回“第 161 行，第 13 列”错误。

我还按照@Joran 的建议在 Libre Office 中将 .xls 文件转换为 .csv 文件，它转换和读取都很好（即，它在所有 236 行和逻辑 readLines() 输出中计算了 27 个字段）。

更新 2

我应该补充一点，我认为这些 .xls 文件不是由 Excel 生成的（我的来源对它们的来源有点保密），但我不当我在 Libre Office 中打开它们时会收到任何错误或警告。

【问题讨论】：

没有 xls 文件就无法判断。我在您的未来看到了一些宝贵的时间来寻找隐藏在 xls 文件中某处的不寻常字符。第一步可能是将其导出为 csv，然后尝试将其读取到 R 中，或者在文本编辑器中打开它并直观地扫描它是否有任何异常。
@joran -- 感谢您的指点！我在 Libre Office 中将 .xls 转换为 .csv 并完成转换，我可以使用 read.csv() 读取并获取所有行和列的逻辑条目。我可能手动将所有 .xls 转换为 .csv :(.

标签： r

【解决方案1】：

试试这个，看看它是否有什么建议：

library(gdata)
k <- count.fields(xls2csv("myfile.xls"), sep = ","); k
L <- readLines(xls2csv("myfile.xls")); L

【讨论】：

感谢您的指点和新工具！我更新了我的问题，看起来xls2csv() 生成了一个空的 .csv 文件。但现在我不明白为什么会出现奇怪的readLines() 错误（即关于第 161 行和第 13 列）。
我使用了命令行 LibreOffice 解决方案，但这是解决问题的最佳方法（这里我认为是因为，由于某种原因，Perl 脚本无法转换 .xls 文件，虽然 LibO 可以）。谢谢！

【解决方案2】：

就我而言，我认为问题在于 .xls 到 .csv Perl 脚本失败（这是 gdata 使用的）。我仍然不确定为什么，因为 LibreOffice 将 .xls 转换为 .csv 而没有任何警告。我用 Vim 检查了 .csv，它看起来很正常（即没有疯狂的字符）。我认为 .xls 是由某些专有脚本形成的，所以 Perl 脚本失败了。

因为 LibreOffice 在这里工作，最简单的解决方案是使用命令行 LibreOffice（即，不支持基于 Perl 的工具）。我在Win7上，所以我写了一个简单的.bat文件，可以转换目录中的每个.xls。

for %%f in (*.xls) do soffice.exe -invisible -convert-to csv "%%f"

【讨论】：

【解决方案3】：

使用 XLConnect ！

library(XLConnect)
readWorksheetFromFile(list.files[[1]], 1, useCachedValues=TRUE)

【讨论】：

在使用 count.fields 和 xls2csv 的方法对于多页 *.xlsx 文件失败后，read.xlsx 继续返回“没有可用的行输入”错误（尽管有可用的行），我尝试了这种方法，结果很好！