Snakemake：返回并清理 temp() 文件答案

【问题标题】：Snakemake: go back and clean up temp() filesSnakemake：返回并清理 temp() 文件
【发布时间】：2017-12-19 14:29:38
【问题描述】：

我知道之前有人问过这方面的变体（例如https://groups.google.com/forum/#!topic/snakemake/4kslVBX2kew），但我没有看到明确的解决方案。

如果我使用“--notemp”运行一个长时间运行且复杂的 Snakemake 管道（可能是因为我正在调试），那么能够随后运行一个“清理”命令来删除任何会在没有 --notemp 的情况下第一次运行时自动删除。有什么简单的方法吗？

我现在这样做的方式是在使用“--forceall--touch”后重新运行，不使用“--notemp”，这样所有东西都会被触及，然后临时文件会在结束。但是更改所有时间戳并不理想。有没有更好的办法？

乔恩

【问题讨论】：

这确实是个好主意。有时间我会添加相应的功能。我也很乐意接受拉取请求。
感谢您的回复。我会看一下代码，看看是否可以自己尝试，如果能够回馈给 Snakemake，那就太好了。

标签： snakemake

【解决方案1】：

从 v5.0.0 开始，--delete-temp-output 实现了这一点。

--delete-temp-output


Remove all temporary files generated by the workflow. Use together with –dry-run to list files without actually deleting anything. Note that this will not recurse into subworkflows.

Default: False

【讨论】：