Gnu 并行：如何使用 --link 选项构建命令以“扩展”位置参数？

Question

问题

我正在使用 GNU 并行并希望使用 ::: 运算符将两个文件传递给程序。我的目录树如下所示：

$ ls 

SRR6301073_pass_1_trimmed.fq  
SRR6301073_pass_2_trimmed.fq  
SRR6301129_pass_1_trimmed.fq  
SRR6301129_pass_2_trimmed.fq  
...

以下代码：

#!bin/bash
ones=$(find SRR*pass*1*.fq)
twos=$(find SRR*pass*2*.fq)    
parallel --link echo ::: $ones ::: $twos

生产：

SRR6301033_pass_1_trimmed.fq SRR6301033_pass_2_trimmed.fq
SRR6301034_pass_1_trimmed.fq SRR6301034_pass_2_trimmed.fq
...

但我实际上需要输出如下所示：

-1 SRR6301033_pass_1_trimmed.fq -2 SRR6301033_pass_2_trimmed.fq
-1 SRR6301034_pass_1_trimmed.fq -2 SRR6301034_pass_2_trimmed.fq
...

我已经尝试过的

这个：

$ parallel --link echo -1 ::: $ones -2 ::: $twos

产生

-1 SRR6301033_pass_1_trimmed.fq SRR6301033_pass_2_trimmed.fq
-1 SRR6301034_pass_1_trimmed.fq SRR6301034_pass_2_trimmed.fq

还有这个：

$ parallel --link echo -1 ::: $ones ::: $twos

生产：

-1 SRR6301033_pass_1_trimmed.fq -2
-1 SRR6301034_pass_1_trimmed.fq SRR6301033_pass_2_trimmed.fq
-1 SRR6301037_pass_1_trimmed.fq SRR6301034_pass_2_trimmed.fq

Answer 1

我想你想要这个：

parallel --dry-run --link echo -1 {1} -2 {2} ::: a b ::: c d

输出

echo -1 a -2 c
echo -1 b -2 d