【问题标题】:Survival Model Validation using external data使用外部数据的生存模型验证
【发布时间】:2016-06-27 16:27:03
【问题描述】:

我有两个数据集(训练和验证)用于构建和验证 Cox 模型。

利用训练数据集,我使用逐步选择方法拟合了一个 cox 模型。

模型中的重要变量是验证模型中包含的唯一变量。 这是正确的方法吗?

在验证模型时,我意识到变量在验证模型中并不重要,而且 cox 模型的假设也不成立(我检查了验证数据的假设)。 我是否应该忽略变量无关紧要的事实,继续纠正验证数据中模型假设的问题?

第三,在训练和验证数据中,我对三组进行了变量“治疗”。在训练中,组是标准、新药和混合物,而在验证数据中,组是标准、新药和 X(这是一种不同于训练数据中混合的治疗方法)。 在两个模型中都包含这个变量是否正确,或者我应该消除不匹配的组;来自训练数据和来自验证数据的 X 的混合物,还是我应该这样使用它?我不确定这对我的分析有何影响。

感谢您的回复。

【问题讨论】:

    标签: cross-validation survival-analysis cox-regression


    【解决方案1】:

    回答您的第一个问题:是的,这是正确的方法。训练和验证集的整个想法是您根据训练集做出关于模型的所有决定(这里:添加哪些变量)。然后使用验证集来评估您在训练集中的结果有多稳健。这样你就可以检查过度拟合、异常值、数据错误等。

    但是,我不推荐逐步回归方法。见本帖置顶答案:https://stats.stackexchange.com/questions/115843/backward-selection-for-cox-model-using-r

    第二个问题:不,你不应该忽略无关紧要的变量。这正是您拥有验证集的原因。也许您的训练集有几个非常有影响力的观察结果(异常值)?或者是其他东西?无论如何,你必须做一些额外的研究。

    你的意思是什么假设?我假设您的意思是比例风险(PH)假设不成立,因为这个假设经常被违反。与您的第一个问题的答案相同的推理方式。首先在训练集上检查假设。如果它也不存在,请在您的模型中进行调整。如果确实违反了变量的 PH 假设,请添加时间交互或制作分层 cox 模型。 [例如:http://www.dbc.wroc.pl/Content/27006/Borucka_Extensions_of_Cox_model_For_non_proportional.pdf]

    我不完全确定我对第三个问题的回答,但这里是:如果 X 未包含在您的训练模型中,则将其包含在您的验证模型中是不正确的。变量处理是一个因素,因此在回归中,它本质上会变为每个级别的虚拟 (0/1) 变量。因此,包含 X 与在您的验证模型中引入一个全新的变量相同,这是违反直觉的。

    希望这会有所帮助!

    【讨论】:

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