【问题标题】:Google Genomics jobs never ending谷歌基因组学工作永无止境
【发布时间】:2016-08-30 16:59:21
【问题描述】:

我们一直在使用 Google Genomics ReadGroupSets 来存储我们的比对数据(BAM 文件)并且它运行得非常好,直到昨天......

昨天(2016 年 8 月 29 日)我们的导入作业(方法:readgroupsets.import)开始处于“运行”状态,但直到现在还没有达到“完成”或错误消息。 p>

还有其他人遇到同样的问题吗?

例如:作业运行了 1 天,没有显示错误消息。

$ gcloud alpha genomics operations describe identifier

done: false
metadata:
  '@type': type.googleapis.com/google.genomics.v1.OperationMetadata
  clientId: ''
  createTime: '2016-08-30T01:08:57.000Z'
  events: []
  projectId: xxxxxxx
  request:
    '@type': type.googleapis.com/google.genomics.v1.ImportReadGroupSetsRequest
    datasetId: 'xxx'
    partitionStrategy: PER_FILE_PER_SAMPLE
    referenceSetId: ''
    sourceUris:
    - gs://xxx/yyy/zzz.bam
name: operations/identifier

昨天我们在从 Google Storage 中的对象获取“公共链接”时也遇到了临时问题,但现在这个问题没问题。

编辑:我还尝试使用 gcloud cli 触发导入作业,指向另一个数据集和另一个云项目,但这些作业仍处于“运行”状态。

edit2:我使用 Google Genomics 大约 3 个月,并成功导入了 400 多个比对。只有这周我遇到了问题。

edit3:已解决。我所有的工作都成功结束了。

【问题讨论】:

  • @paul-grosu 我重新提交了作业,这一次在事件中出现了预期的 msg(无 referenceSetId),但作业运行了 2 小时。这些导入作业通常不超过 40 分钟。
  • 嗨 Lucas,我​​处理了 OperationMetadata API 文档,前几天 CH 回复了建议。但梅丽莎只是让我们知道问题来自路径的不同部分。我回复了 Google Groups 消息以同步到单线程。希望它会很快得到修复。保罗
  • 嗨 Lucas,CH 和 Melissa 能够修复它,现在队列正在处理积压工作。
  • 保罗您好,感谢您的支持。我们的导入工作现已成功完成。
  • 你好 Lucas,很高兴,我很高兴听到现在一切正常,尽管所有的辛勤工作都是由 Melissa 和 CH 完成的,他们绝对应该得到大部分功劳 :) 谢谢, 保罗

标签: google-cloud-storage google-genomics


【解决方案1】:

对此感到抱歉。 ReadGroupSets 导入当前不起作用,请参阅https://groups.google.com/forum/#!topic/google-genomics-discuss/aWV8NjAbaFg

【讨论】:

  • 感谢您提供的信息。很高兴在某个地方看到服务状态like this
  • 不用担心梅丽莎,感谢您的调查。我在 Google Groups 上回复以将信息同步到一个地方。谢谢,~p
【解决方案2】:

昨天下午有一个积压的工作,我没有看到你甚至没有开始阶段。我会取消操作并重新提交。

保罗

【讨论】:

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