centos 上 jbrowse 的替代品答案

【问题标题】：alternative of jbrowse on centoscentos 上 jbrowse 的替代品
【发布时间】：2018-06-22 06:31:21
【问题描述】：

是否有 JBrowse 的替代软件（在 Centos6 上）。

我需要将一个集成到我的网页中，但是 jbrowse 在安装 PerlIO::gzip 时出现 zlib 错误。虽然安装了所有相关模块（libpng、libpng-devel、gd-devel、zlib-devel、perl-ExtUtils-MakeMaker、开发工具、perl-Compress-Zlib）。

任何建议都会有所帮助。 windows8 操作系统的替代方案也可以。

【问题讨论】：

标签： centos6 perl-module genome google-genomics jbrowse

【解决方案1】：

请注意，这里有一个 JBrowse 问题的邮件列表交叉链接 https://sourceforge.net/p/gmod/mailman/message/36349221/

JBrowse 的替代品可能包括 igv.js、pileup.js、基因组视图或其他 HTML5 基因组浏览器

另外请注意，如果我们认为 Perl 先决条件确实不可能在您的系统上安装，那么我们可以采取另一种方法，因为 JBrowse 实际上并不需要安装 Perl 先决条件才能运行。现代 JBrowse 可以在不使用 Perl 脚本进行转换的情况下加载本机文件格式。

在这种情况下，您可以像这样简单地创建文件目录

data/genome.fa
data/genome.fa.fai
data/tracks.conf
data/annotations.sorted.gff.gz
data/annotations.sorted.gff.gz.tbi

其中基因组.fa.fai 由samtools faidx genome.fa 生成，annotations.sorted.gff.gz 由sort -k1,1 -k4,4n annotations.gff > annotations.sorted.gff 生成，然后是bgzip annotations.sorted.gff.gz，最后是tabix -p vcf annotations.sorted.gff.gz

那么tracks.conf文件可以包含

[GENERAL]
refSeqs=genome.fa.fai

[tracks.refseq]
urlTemplate=genome.fa
storeClass=JBrowse/Store/SeqFeature/IndexedFasta
type=Sequence
[tracks.annotations]
urlTemplate=annotations.sorted.gz
type=CanvasFeatures
storeClass=JBrowse/Store/SeqFeature/GFF3Tabix

从这个意义上说，您的浏览器可以在没有 perl 前提条件的情况下完全创建

【讨论】：