recluster.cons 函数和彩色树状图

【问题标题】：recluster.cons function and colorful dendrogramrecluster.cons 函数和彩色树状图
【发布时间】：2020-02-10 21:07:08
【问题描述】：

我使用 recluster 包的“recluster.cons”函数创建了一个树状图。我想知道如何按组为这个函数产生的树状图的分支着色。

tree <- recluster.cons(sp2, p=1)$cons # sp2 is a presence-absence matrix
plot(tree, direction="downwards")

这是当前的树状图：

【问题讨论】：

如果您包含一个简单的reproducible example，其中包含可用于测试和验证可能解决方案的示例输入和所需输出，则更容易为您提供帮助。

标签： r plot dendrogram

【解决方案1】：

您需要定义要从集群中获得多少集群（如 cutree），然后使用 dendextend 似乎是一个更简单的选择。首先，我模拟一个可能看起来像你的数据集：

library(recluster)
set.seed(222)
testdata = lapply(1:3,function(i){
truep = runif(200)
replicate(7,rbinom(200,size=1,prob=truep))
})
testdata = t(do.call(cbind,testdata))
rownames(testdata) = paste0(rep(letters[1:3],each=7),rep(1:7,3))

我们绘制了 3 个站点集群，因为它是这样模拟的：

tree <- recluster.cons(sp2, p=1)$cons # sp2 is a presence-absence matrix
plot(tree,direction="downwards")

然后给它上色：

dendextend
dend <- color_branches(as.dendrogram(tree),k=3)
plot(dend)

【讨论】：