FactoMineR/factoextra 可视化树状图中的所有簇答案

【问题标题】：FactoMineR/factoextra visualize all the clusters in the dendrogramFactoMineR/factoextra 可视化树状图中的所有簇
【发布时间】：2018-01-16 10:17:53
【问题描述】：

我使用 FactoMineR 包的 HCPC 函数对数据帧执行了层次聚类。问题是，当我使用 factoextra 绘制树状图时，我无法想象我询问的集群数量。下面是我的问题的可重现示例

model <- HCPC(iris[,1:4], nb.clust = 5)

上面确实有5个集群

fviz_dend(model, k = 5,
          cex = 0.7,                     
          palette = "default",              
          rect = TRUE, rect_fill = TRUE, 
)

但只有 3 个映射在树状图中

【问题讨论】：

标签： r plot dendrogram dendextend factoextra

【解决方案1】：

我遇到了同样的问题：fviz_dend 函数总是会返回它认为的最佳集群数量，即使我试图覆盖它——无论是在 HCPC 或 fviz_dend 函数中.

在坚持使用 FactoMineR 和 factoextra 的同时解决此问题的一种方法是更改由 HCPC 函数计算的默认集群数量：

model$call$t$nb.clust = 5

然后运行fviz_dend函数。

这应该返回the result that you were expecting。

【讨论】：

【解决方案2】：

您可以只使用带有color_branches 函数的dendextend R 包：

library(dendextend)
dend <- USArrests %>% dist %>% hclust(method = "ave") %>% as.dendrogram
dd <- color_branches(dend,5)
plot(dd)

【讨论】：