argparse：多参数处理

Question

我是 argparse 的初学者，我对以下代码有疑问：

def (x,y,z,t):

......
def main():

    parser=argparse.ArgumentParser(description= "Get Mapped Single PDB File")
    parser.add_argument("-pdb", dest="pdbfile",
                       help="Single Template PDB File")
    parser.add_argument("-sf", dest="file_of_seq",
                       help="Reference Seq File",)
    parser.add_argument("-rid", dest="refseqID", nargs=2,
                       help="Reference Seq ID")
    parser.add_argument("-cid", dest="chainID", nargs=2,
                       help="Chain ID")
    args=parser.parse_args()

    get_mapped_single_pdb(args.pdbfile, args.file_of_refseq, args.rid, args.cid)


if __name__=="__main__":
    main()

我想做多处理或在 bash 屏幕上放置两个参数（我不知道该怎么称呼它），如下所示：

--python xxx.py -pdb abc -sf ghj -rid qwe bnm -cid jkl tyu

并且“-rid”的第一个参数应该与“-cid”的第一个参数相关 而“-rid”的第二个参数应该是......类似于......

我尝试了很多方法，但我无法弄清楚。你有什么建议吗？

Answer 1

使用我期望的解析器和命令行

args.rid  # ['qwe', 'bnm']
args.cid  # ['jkl', 'tyu']

将第一个、第二个值等配对是标准的 Python 列表处理。

调试时我建议做一个

print(args)

看看解析器给你什么。

你试过什么？有什么问题？

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Namespace(chainID=['A', 'B'], 
          file_of_seq='uniprot_Marc_Vidal.fasta', 
          pdbfile='1VLG_A_14-155::1VLG_C_18-159#1.pdb', 
          refseqID=['P02792_A96T', 'P02794'])

您可以轻松地将这两个列表与标准 for zip 语法配对：

In [120]: for id1, id2 in zip(args.chainID, args.refseqID):
     ...:     print(id1,id2)
     ...:     
     ...:     
A P02792_A96T
B P02794

或索引迭代：

In [122]: for i in range(2):
    ...:     print(args.chainID[i], args.refseqID[i])