Needleman Wunsch 仿射空位罚分

Question

有人可以提供一个示例，其中仿射间隙惩罚最终会给出与在两个具有固定间隙惩罚的序列上运行 NW 不同的结果吗？

Answer 1

Affine Gap Penalty Model:

AAAGAATTCA
|||    |||
AAA----TCA

注意：要获得最佳的全局对齐，您需要在“步骤 2 - 设置成对对齐选项”中将“End Gap Penalty”更改为 true

Fixed Gap Penalty Model:

AAAGAATTCA
|||   | ||
AAA---T-CA