恢复不完整的 PDF 文件

Question

考虑下面的代码，它运行在一个带有 walltime (#BSUB -W 10:00) 的集群上：

pdf("myPlots.pdf")
for(i in 1:300){
# a lot of data processing, unfortunately no data is being saved...
# ...

# then plot output
plot(1)
}
dev.off()

以上代码在竞争 for 循环之前退出，（因为 walltime）并且 PDF 不完整。 然后，我用this website恢复，所以plot data在文件里，只是不完整。

还有其他方法可以恢复吗？也许在 PDF 文件中添加一些文本（使用文本编辑器），以便 PDF 文件完整？

Answer 1

我建议要么抬高桥，要么降低河流。

也就是说，我会考虑对您的算法进行两种可能的修改之一，具体取决于您正在做的事情（这里没有太多细节，所以我正在考虑）：要么让每个循环迭代一个完整的任务，以防它是你的挂钟时间到期之前的最后一个循环，或者调整你的循环计数或挂钟限制以让工作更频繁地完成。

如果您无法更改循环次数或 walltime，请查看是否可以修改循环过程，以便每次迭代都附加到前一次迭代，以便任何循环都以完整的输出结束，因此是否存在无关紧要将是另一个迭代。

否则，请将循环限制降低到可以可靠完成的某个计数（例如 200 或 250），或者将您的 walltime 限制延长到可以让任务在正常系统负载下完成的某个值。现在你把自己置身于困境和艰难的境地之间；一个或另一个将不得不移动。