命令替换问题（变量为空）答案

【问题标题】：Problems with command substitution (variable is empty)命令替换问题（变量为空）
【发布时间】：2016-07-06 14:43:34
【问题描述】：

在 shell 脚本中进行命令替换时遇到了一些问题。我以前在另一个系统上使用过这个脚本，所以不确定这里发生了什么。似乎无论我如何附上设置变量的命令，我都会得到一个空变量。我尝试了许多不同的方法来将它们括起来（$()、反引号、引号）。如果有帮助，我正在尝试提交一个数组作业。

#!/bin/bash
#BSUB -q shared
#BSUB -W 23:55
#BSUB -M 51200
#BSUB -J windowCovR1
#BSUB -R "span[hosts=1]"

mem=$LSB_JOBINDEX
sample=`head -n "$mem" bednames.txt | tail -1 | awk '{print $2}'`
eval ${sample}
echo ${sample}

$mem 设置正确，与sample 行有关。 echo 命令打印一个空行。

【问题讨论】：

I'm trying to put a command in a variable, but the complex cases always fail!
我认为这并不能真正解决这个问题......这对我来说以前有效（在不同的系统上），所以不确定现在发生了什么。
也许bednames.txt 是空的？从文件中获取行N 的更好方法可能是sample=$(awk -vlineno=${mem} 'NR == lineno { print $2 }' bednames.txt)...
它不是空的......我最终用一个不理想的循环来做这个。如果我解决这个问题会更新。

标签： linux unix lsf command-substitution

【解决方案1】：

由于您使用的是$LSB_JOBINDEX，因此您可能需要一个数组作业。作业名称应包含数组的开始和结束参数。例如，

#BSUB -J windowCovR1[1-100]

这假设文件bednames.txt 中有100 个命令行。如果没有数组边界，$LSB_JOBINDEX 将始终为零。 head -n 0 将给出空字符串。

我尝试了这个简单的例子，它对我来说没问题。

 [mclosson@host ~]$ cat tmp.sh
 #!/bin/bash
 #BSUB -q normal
 #BSUB -W 23:55
 #BSUB -M 10
 #BSUB -J windowCovR1[1-2]
 #BSUB -R "span[hosts=1]"

 mem=$LSB_JOBINDEX
 echo "$$ mem $mem" >> /tmp/LOG
 sample=`head -n "$mem" bednames.txt | tail -1 | awk '{print $2}'`
 echo "$$ ${sample}" >> /tmp/LOG

 [mclosson@host ~]$ cat bednames.txt
 line11 line12
 line21 line22

 [mclosson@host ~]$ bsub < tmp.sh
 Job <805> is submitted to queue <normal>.

 [mclosson@host ~]$ cat /tmp/LOG
 7979 mem 1
 7979 line12
 7991 mem 2
 7991 line22

另一个小点。如果这不是并行作业，则不需要 -R "span[hosts=1]"。

【讨论】：

【解决方案2】：

您“尝试[ing]反引号”的方法似乎不正确。

如果替换的结果为空，那是因为那是变量的值。您是否尝试过通过终端调试其输出设置该变量的命令？

【讨论】：

【解决方案3】：

您分配样本值的命令是正确的。在命令行上也为我工作。但是，您在 shell 脚本中使用的是相同的。因此，请尝试使用以下内容：-

sample=head -n "$mem" bednames.txt | tail -1 | awk '{print \$2}'

\ 在 $2 之前。当您不使用 \ 时，脚本可能会检查第二个命令行参数。

【讨论】：

在单引号内，不需要转义$，这样做实际上会导致awk抱怨语法错误。