在列表中的多个元素上重复一个函数答案

【问题标题】：Repeating a function over multiple elements in a list在列表中的多个元素上重复一个函数
【发布时间】：2013-01-22 17:24:12
【问题描述】：

我已经写了这段代码

import sys
file = open(sys.argv[1], 'r')
string = ''
for line in file:
    if line.startswith(">"):
        pass
    else:
        string = string + line.strip()
#print (list(string))
w = input("Please enter window size:")
test = [string[i:i+w] for i in range (0,len(string),w)]
seq = input("Please enter the number of sequences you wish to read:")
#print (test[0:seq])

它会生成一个看起来像这样的列表-

['TAAAACACCC', 'TCAATTCAAG', 'GGTTTTTGAG', 'CGAGCTTTTT', 'ACTCAAAGAA', 'TCCAAGATAG', 'CGTTTAAAAA', 'TTTAGGGGTG', 'TTAGGCTCAG', 'CATAGAGTTT']

现在下一步是读取列表中每个元素中字母GC（或者可以是CG）的出现次数。有没有办法以输出文件看起来像这样的方式遍历列表：

Segment 1- The %GC is <the calculated number>
Segment 2- The %GC is <the calculated number>
Segment 3- The %GC is <the calculated number>

由于文件太大而且我将获得的段数（列表中的每个单独元素，如'TAAGATATA'）会很大，我不知道如何获得数字（1,2,3. ..) 输出文件中的段。另外，由于我是 python（和编程）新手，我不太擅长使用函数。

【问题讨论】：

向我们展示你目前编写的代码，兄弟
我不明白这个问题——你能举一个更明确的例子吗，在这种情况下什么是细分？
@TheodrosZelleke- 它是一个生物程序。将需要很多时间来解释并且是不必要的。我想要的只是遍历文件，以便我可以获得段（列表的每个元素 = 段）编号及其相应的 GC%（我可以处理）
更新了问题，'兄弟'@RashanGandi

标签： python fasta dna-sequence

【解决方案1】：

我不确定你在问什么。

inp = ['TAAAACACCC', 'TCAATTCAAG', 'GGTTTTTGAG', 'CGAGCTTTTT', 'ACTCAAAGAA', 'TCCAAGATAG', 'CGTTTAAAAA', 'TTTAGGGGTG', 'TTAGGCTCAG', 'CATAGAGTTT']

for i, segment in enumerate(inp):
    print "Segment {} - The %GC is {}".format(i, segment.count("GC"))

给予

Segment 0 - The %GC is 0
Segment 1 - The %GC is 0
Segment 2 - The %GC is 0
Segment 3 - The %GC is 1
Segment 4 - The %GC is 0
Segment 5 - The %GC is 0
Segment 6 - The %GC is 0
Segment 7 - The %GC is 0
Segment 8 - The %GC is 1
Segment 9 - The %GC is 0

【讨论】：

我正在使用 python 2.7。我想里面没有格式功能。
和我一样，并且有（它是字符串上的实例方法）。

【解决方案2】：

你可以试试python中的map函数。 http://docs.python.org/3.1/library/functions.html#map 提供了它的一般用法，但这里是使用 Python3 的示例。

def func1(myObject):
    '''Trivial example function'''
    return myObject * 2
myList = [1,2,3]
myMap = map(func1,myList)
print(list(myMap))

Map 对可迭代对象（例如列表、字符串等）中的每个项目执行一个方法，并将每个方法执行的结果放入一个映射中，然后可以将其打印为列表或像列表一样迭代。

如果您希望您的 myObject 本身是一个列表，那应该不是问题，只要您相应地使用它即可。

这能回答你的问题吗？

【讨论】：